De Stichting Oude Wereld presenteert morgen en zaterdag het studieboek ‘Evolutie’, vertaling van het Duitse ‘Evolution – Ein Kritisches Lehrbuch’. BioNieuws (van biologenclub NIBI) besteedt hier ook aandacht aan.
Vandaag trof ik in het Reformatorisch Dagblad een interview met Jan-Rein de Wit van st. Oude Wereld. Een niet onbekend geluid, wetenschap bestaat uit waarneming en interpretatie. En alles wat we niet direct kunnen waarnemen is interpretatie. Verder een soort verzoek om ‘equal time’ voor evolutie én schepping als gelijkwaardige verklaringsmodellen.
Gerdien de Jong wordt ook nog geciteerd, aan het eind: “Ze vindt dat de auteurs Junker en Scherer hun huiswerk goed hebben gedaan. Ze meende overigens dat het boek niet door jongeaardecreationisten geschreven kon zijn. Dat zegt iets over het wetenschappelijke niveau van onze jongste publicaties.”
Een tikkeltje uit context en niet helemaal juist geparafraseerd. In BioNieuws zegt De Jong: “(…) Junker en Scherer hebben in ieder geval hun huiswerk goed gedaan. Scherer is bioloog en hoogleraar in de microbiologie, dus hij weet waar hij het over heeft. Het is geen boek van jonge-aarde-creationisten waarin zulke aperte leugens staan dat je het eigenlijk niet serieus kunt nemen.”
In een mail aan mij heeft ze zich nog wel wat kritischer uitgelaten over het boek. Enfin, ik hoop het boek binnenkort eens te kunnen bestuderen.
Voor Mevrouw De Jong:
http://www.vkblog.nl/bericht/360115
Ihr geist ist sehr versteint…
pb
Ik kreeg Bionieuws vandaag pas, vandaar dat het even duurde voordat de recensie op internet verscheen.
@Jan, over baramin.
In oktober hadden we het over baramin. Ik heb intussen Animal and Plant Baramins van Todd Wood aangeschaft en gelezen. Dat is een baraminology boek; baraminology is een poging met statistiek enige wetenschap in creationisme te doen.
Wood gebruikt datasets van biologische families (oid) met een reeks soorten waarvan morfologische kenmerken gescoord zijn, voornamelijk op aanwezig / afwezig. Hij laat daar twee statistische methoden op los. De eenvoudigste methode geeft een correlatie over alle kenmerken, twee-aan-twee tussen de soorten. Bij twee perfecte groepen zal dan de correlatie binnen de groepen positief zijn (ze lijken op elkaar) en de correlatie tussen de groepen negatief zijn (ze lijken niet op elkaar). In een diagram waarbij de soorten op dezelfde volgorde op de x-as en de y-as staan verwacht je bij twee goed gescheiden groepen twee vierkanten met positieve correlaties, een voor elke groep (dus om de diagonaal, en twee zijdelingse rechthoeken met negatieve correlaties.
Voor Wood moet een nette baramin homogeen zijn op gezamenlijke kenmerken en helder gescheiden van beesten uit een andere baramin. Dat is niets anders dan: een nette groep zijn: een groep is per definitie van ‘groep’ redelijk homogeen onderling en min of meer afgescheiden van andere groepen.
Voor de katten, familie Felidae gebruikt Wood twee datasets; de grootste daarvan is de dataset van Mattern & McLennan (2000), die ik ook hier (http://evolutiebiologie.blogspot.com/2010/03/binnen-de-katachtigen.html) gebruikte. In die dataset komen ook de hyena en de ringstaartmangoeste voor, als buitengroep. Niemand heeft die ooit binnen de familie katten gerekend. Het zijn wel katvormigen, dus ze behoren tot een groep hoger in de hierarchische indeling. Dat maakt ze geschikt als buitengroep. (Paarden of zo kun je ook nemen, maar dat is niet zo voor de hand liggend voor morfologische kenmerken als vergelijking met katten).
Dan blijkt (figuur 10, blz 18) dat de methode niet oplevert wat Wood wenst. De Grote Katten komen duidelijk gescheiden van de Kleine Katten naar voren. De Kleine Katten willen geen net blok vormen; er zit structuur binnen de groep Kleine Katten, maar het is onduidelijk hoe. De buitengroep, hyena en de ringstaartmangoeste, sluit zich aan bij de Grote Katten, maar heeft ook enige positieve correlaties met de Kleine Katten. Het Jachtluipaard wil niet met Kleine Katten of Grote Katten clusteren, maar heeft ook geen negatieve correlaties. Al met al zijn Woods resultaten in overeenstemming met de klassieke systematiek, voordat de cladistische resultaten op morfologie en de moleculaire indeling bestonden. Zowel een cladistische indeling op morfologie en de moleculaire indeling geven een betere indeling binnen de Felidae, op de Manoel na overeenkomstig. Wood geeft niets interessants. Woods methode werkt niet waarvoor hij hem wil gebruiken: morfologische continuiteit binnen de katten maar discontinuiteit tussen katten en overige beesten. (Wood zelf wil deze conclusie niet zien).
Alle groepen die Wood behandelt zijn uit de klassieke systematiek bekend als groep.
In het boek Typen des Lebens, 1993, samengesteld door Siegfried Scherer, is het eerste hoofdstuk door Scherer geschreven. Scherer geeft een tabel om te besluiten of er discontiniteit tussen twee groepen bestaat. De tabel geeft een reeks vragen, en als er een keer JA geantwoord moet worden is er een discontiniteit.
Beantwoord de vragen voor de familie Felidae, katten.
Kruisbaarheid ontbreekt? min of meer, niet voldoende uitgezocht
Vooroudergroep onduidelijk? nee, tenminste, roofdier
Vooroudergroep onduidelijk als we naar fossielen kijken? nee, zie Proailurus
Continue afstammingslijn ontbreekt? Behalve dat de vraag wat de bedoeling is, vermoedelijk JA.
Continue afstammingslijn ontbreekt als we naar fossielen kijken? JA: zowel voor elke soort kat als voor Kleine Katten en Grote Katten, als voor de Katten als geheel. (Voor elke soort is te beweren dat we geen continue afstammingslijn zien. Met deze vraag kun je alle soorten zelf tot basistype verklaren.)
Gezamenlijke afgeleide kenmerken voor elke groep? JA, zowel voor Grote Katten als Kleine Katten.
Gezamenlijke afgeleide kenmerken voor elke groep als we naar fossielen kijken? JA .
Laag aantal gezamenlijke afgeleide kenmerken als we beide groepen samen met een buitengroep vergelijken? JA: bij diagnostische kenmerken heb je geen interesse in hun aantal.
Dit om te demonstreren dat Wood ook de Grote Katten en Kleine Katten tot twee baramins (=basistypen) had kunnen benoemen.
Volgende vraag, de werkelijke vraag:
Dit gaat allemaal om het herkennen van groepen – aan de hand van de definitie van wat je een groep noemt, niets bijzonders – maar wat maakt zo’n groep tot een basisgroep of een geschapen groep?
Niets.
Niets in het betoog of de statistiek draagt er toe bij de behandelde groepen uit de klassieke systematiek als onafhankelijk geschapen te beschouwen. Wood zegt 27 van de 49 geidentificeerde basistypen overleefden de zondvloed vermoedelijk aan boord van de ark (blz 224). Deze opmerking staat totaal buiten alles wat hij eerder aan methoden op de beesten / planten heeft losgelaten.
In 2002 schreef Wood (in “A baraminology tutorial with examples from the grasses (Poaceae)”:
Third and perhaps most important for the advancement of baraminology methods, heavy reliance on molecular sequence data biases baraminic analysis towards too much similarity. I strongly suggest that researchers do not rely too heavily on sequence similarity for determining baraminic relationships.
Moleculaire indelingen geven soms meer overeenkomst, soms minder dan klassieke morfologische indelingen. Maar wat moleculaire indelingen vooral doen is een hierarchie aanbrengen in de indeling van de organismen: een hierarchie die volstrekt in tegenstelling is met alle vooronderstellingen over onafhankelijk geschapen baramin.
@ Gerdien over baraminologie,
Ben erg benieuwd naar jou beoordeling van baraminologie of basistypenbiologie op deze website: https://sites.google.com/site/junkerscherer/gemengde-missers-1
@ Gerdien,
Ik zie overigens dat ik nog niet gereageerd heb op jou bovenstaande bespreking van Wood. Bedankt dat je de moeite genomen hebt om je in te lezen. Ik kan nog niet in detail ingaan op jou bespreking. Ik licht er even een puntje uit:
Jij schrijft: “Dit om te demonstreren dat Wood ook de Grote Katten en Kleine Katten tot twee baramins (=basistypen) had kunnen benoemen.”
Niet helemaal goed. Baraminologie is meer dan alleen de methode die woord in zijn boek ‘Animal and Plant baramins’ aanreikt. Door kruisingen, nog steeds een wezenlijk onderdeel binnen baraminologie zijn de grote katten en de kleine katten aan elkaar verbonden. De hybridisatie tussen Puma concolor en Leopardus pardalis heeft hiervoor gezorgd. Wood is ook afhankelijk van deze resultaten ook al heeft hij ze niet genoemd.
Foutje:
woord = moet natuurlijk zijn Wood
@Jan oktober 14th, 2011 on 6:06 am
De tekst op die website heb ik zelf geschreven.
Het wordt tijd dat ik er iets meer aan doe.
@ Gerdien,
Ik zie nog geen tekst bij basistypen, maar ik kon hem niet linken dus nam ik die erboven. Ik ben benieuwd.
@Jan oktober 14th, 2011 on 6:19 am
De Hybrid Database http://www.bryancore.org/hdb/index.html
geeft niet Puma concolor, maar de poema bij zijn oude naam Felis concolor, en de kruising niet met Leopardus pardalis (de ocelot, ook een kleine kat), maar met Panthera pardus, het luipaard. Dat heeft de hybrid database uit Gray, en dat staat op de plank in de bibliotheek om na te kijken hoe goed dat rapport is. (De lynx met huiskat hebben we ooit gezien dat het heel erg van horen zeggen was).
Poema kruist niet met enig andere kat voor zo ver in de Hybrid Database.
De statistische benadering van Wood splitst tussen grote en kleine katten, zonder enige correlatie tussen poema en panther.
Als je de benadering van Wood aanhoudt, is er geen reden de katten bij elkaar te houden – de criteria die Wood in zijn boek geeft splitsen de kleine katten van de grote katten. Dat de methode gekkigheid heeft zie je van de plaats van de buitengroep – die beesten horen niet bij de grote katten te zitten.
Als je de kruisingsbenadering aanhoudt (waarbij ik poema x luipaard maar even accepteer), kom je ook op twee groepen. Groot formaat en klein formaat. Je kunt niet via AxB en BxC A en C tot dezelfde club rekenen, omdat poema niet verder kruist.
Van de hak op de tak springen in de argumentatie (dus zoals het uitkomt voor het doel de ene of de andere benadering kiezen), is geen goede manier van redeneren.
Die tekst bij basistypen wordt deels wat ik voor deze reactie heb geschreven. Verder heb ik wat nodig over hoe gevoelig de methode van Wood is het aantal soorten dat hij neemt.
En over hoe arbitrait J&S in de praktijk hun basistypen kiezen. Vleermuizen? Kruisingstabellen?
@ Gerdien,
Ik heb met mijn eigen hybridisatiedata gewerkt. Daaruit blijkt wel dat de Puma concolor met de Leopardus pardalis gekruist kan worden. Referentie daarvoor: Murray, Julie L.; Gardner, Gregory L.; 1997, Leopardus pardalis, in: Mammalian Species 548: 1-10.
En ook deze: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/zoo.1430120305/abstract Helaas kan ik niet bij dat artikel. Jij wel?
Dus zoals blijkt wel een ‘grote’ kat met een ‘kleine’ kat.
Puma kruist ook met P onca, P. pardus en P. tigris. Zie ook Gray, 1972. Daarbij is het inderdaad wel nodig om te raadplegen hoe goed de referenties zijn.
Ik denk niet dat het is een hak op de tak springen maar het ontwikkelen (met de nadruk daarop) van een methode en dus beginnersproblemen. Waarvan jij er terecht (!) een paar noemt waarmee Wood, en anderen waaronder ook ik ons mee bezig moeten houden. Bedankt voor je tijd!
PS: De HybridisatieData van Wood is dus niet up-to-date.
PS2: Jij zegt: ‘Maar wat moleculaire indelingen vooral doen is een hierarchie aanbrengen in de indeling van de organismen: een hierarchie die volstrekt in tegenstelling is met alle vooronderstellingen over onafhankelijk geschapen baramin.’
Dat is inderdaad een lastig vraagstuk, waarover te weinig is geschreven door ‘baraminologen’!
@ Gerdien,
“Dat de methode gekkigheid heeft zie je van de plaats van de buitengroep – die beesten horen niet bij de grote katten te zitten.”
Het kan ook zo zijn dat de methode nog niet correct werkt. Wood is pas in zijn beginnersfase :-).
@ Gerdien,
Hier een vraag, misschien kun jij helpen?:
http://scheppingsmodel.wordpress.com/2011/10/08/de-katachtigen-1/
Ik kom niet verder dan Wikipedia. De boeken die daar genoemd zijn zijn niet in Nederland volgens de catalogus Picarta.
Volgens de cat fancy op internet kan er heel veel binnen de kleine katten gekruist worden, maar het is niet na te gaan of de opgegeven kruisingen kloppen.
Panthera omvat ook sneeuwluipaard, maar daarvoor zie ik helemaal niets opgegeven. De dierentuinen zullen hun kostbare beesten er niet aan wagen (als ze sneeuwluipaard hebben). Zelfde voor de nevelpanter, ook een grote kat.
Kruisbaarheid is geen wetenschappelijk topic, en er is niets te vinden.
Web of Science geeft 8 treffers op ‘Panthera hybrid’ als zoektermen, maar niets dat relevant is. De artikelen gaan over sneeuwluipaard dat o.a. cattle yak hybrids eet, nagaan van kruisingen tussen ondersoorten van de tijger, idem leeuw, idem luipaard (om uit te zoeken waar de dierentuin beesten oorspronkelijk vandaan komen), high-resolution radiation hybrid (RH) map of the domestic cat genome vergeleken met een Panthera, kruising tussen twee parasieten van de leeuw, een operatie bij een leeuw die een kruising is tussen de Indische en Afrikaanse versie.
‘Panther hybrid’zoeken gaat alleen over de Florida panther (een puma ondersoort).
‘Big cat hybrid’ geeft 5 treffers, oa op CAT scan en CAT voor catalase, maar niets relevants.
‘Hybridisation panthera’ geeft 12 treffers, niets relevants.
Bij de katten is alleen Felis silvestris bezig met speciatie. Kattensoorten scheiden via de ecologische niche of geografisch. Er heeft nooit iemand getwijfeld aan de monofylie van de Felidae: een heel makkelijk op het oog te onderscheiden familie.
Als je aan baramin wilt werken, zou je de naaste verwanten van de katten, de linsangs, in de zaak moeten betrekken. Weliswaar heeft niemand de linsangs bij de katten ingedeeld, maar eigenlijk vraag ik me af waarom niet. Ik heb ze nog nooit anders dan op een plaatje gezien.
Voor puma en luipaard geeft Gray 1972 gerapporteerde kruisingen aan, maar de artikelen waarop Gray dat baseert zijn niet te pakken te krijgen.
Het gaat om dezelfde kruising als op internet staan, Hagenbeck’s dierentuin of circus omstreeks 1900.
@ Gerdien,
Bedankt voor je zoekwerk!
@Jan oktober 14th, 2011 on 10:46 am
Ik zag je comment nu pas.
“Puma concolor kan met Leopardus pardalis gekruist kan worden. …
Dus zoals blijkt wel een ‘grote’ kat met een ‘kleine’ kat.”
Nee, ‘grote’ katten en ‘kleine’ katten worden niet op hun maat gedefinieerd, maar door hun genus. De ‘grote’ katten zijn de genera Panthera en Neofelis, alle andere zijn ‘kleine’ katten. Dat wil zeggen dat de oude systematen ze bij het genus Felis indeelden, ook de puma. De puma is een ‘kleine’ kat met grote lichaamsgrootte.
@Jan oktober 14th, 2011 on 10:46 am
Ik kan online ook niet bij het artikel uit Zoo Biology uit 1993, maar de UU heeft de papieren versie in het magazijn staan. Die heb ik opgevraagd,
Voor Mammalian species heeft de UU voor 2000 geen toegang, dus dat 1997 artikel heb ik ook niet.
@ Gerdien,
Op blz. 20 van ‘Animal and plant baramins’ bespreekt Todd Wood wel de familie Viverridae. Waarbinnen de linsangs gegroepeerd zijn. Ik heb het boek nu niet hier dus kan er niet naar kijken.
De plaatsing van de linsangs bij de Viverridae is heel ouderwets, ze hebben op het ogenblik hun eigen familie, de Prionodontidae.
http://evolutiebiologie.blogspot.com/2009/12/katachtigen-en-katvormigen.html
http://evolutiebiologie.blogspot.com/2010_10_01_archive.html
De oorspronkelijke beschrijver van de linsangs in 1828 vond ze dicht bij de katten staan; heb ik indertijd gevonden toen ik de post over katvormigen schreef.
@ Gerdien,
“Nee, ‘grote’ katten en ‘kleine’ katten worden niet op hun maat gedefinieerd, maar door hun genus. De ‘grote’ katten zijn de genera Panthera en Neofelis, alle andere zijn ‘kleine’ katten. Dat wil zeggen dat de oude systematen ze bij het genus Felis indeelden, ook de puma. De puma is een ‘kleine’ kat met grote lichaamsgrootte.”
Je hebt gelijk zie ik. Het punt is nu wel dat de kleine katten en de grote katten kruisingen met elkaar kunnen kruisen. Bijna alle groepen die Johnson et al. binnen de katten weergeven kunnen met elkaar kruisen. De goudkatten uitgezonderd als ik het goed heb. Ik zeg het nu uit mijn hoofd omdat het materiaal wat ik gebruikt heb en de schrijfsels die ik gemaakt heb thuis liggen.
@ Gerdien,
G: “Ik kan online ook niet bij het artikel uit Zoo Biology uit 1993, maar de UU heeft de papieren versie in het magazijn staan”
J: “Aan de abstract te zien lijkt het mij wel een betrouwbaar artikel.”
Daarom vonden Junker & Scherer de puma met luipaard kruising ook zo belangrijk.
@ Gerdien,
Geeft wikipedia dan een foutieve vermelding?:
http://en.wikipedia.org/wiki/Linsang
Ja, dat Wikipedia lemma is fout. Wikipedia is niet consistent, zie: http://en.wikipedia.org/wiki/Asiatic_linsang
@ Gerdien,
Toch vind ik de linsang meer op een civetkat lijken dan op een katachtige uit de Felidae-groep.
Zie ook hier voor vergelijking:
http://atlasanimal.blogspot.com/2011/05/asia_03.html
Heb jij wat informatie over de Viverridae en Prionodontidae?
In de genoemde atlas website staan de namen boven de figuren (check bij de tijger). De foto’s van de twee linsangs zijn dezelfde die ik ook had (hier http://evolutiebiologie.blogspot.com/2009/12/katachtigen-en-katvormigen.html), vanaf internet, al was het denk ik een andere site.
Het hoofd van de linsang is niet zo rond: een rond hoofd is specifiek voor katten.
Het was niet 1828, maar 1821, en het is te vinden in Gautier & Vernon 2003, dat ik op zal sturen.
Het citaat is:
Horsfield (1821) placed the Asiatic linsangs within the Felidae as ‘section Prionodontidae’ (dixit the author), but all subsequent authors considered morphological similarities between the Asiatic linsangs and felids as acquired by convergence and adaptation to hypercarnivory (Gray 1864; Pocock 1933; Gregory & Hellman 1939; Rosevear 1974; Veron 1995).
Ik neem aan dat Horsfield de eerste beschrijver van de linsang is.
@ Gerdien,
Ondertussen thuis aangekomen zie ik dat Todd Wood in zijn ‘Animal and plant baramins’ de linsangs indeeld bij de Viverridae. Dus volgens hem vormen ze met de civetkatten een baramin. Heeft de lynx als buitengroep genomen en zoals ik kan zien valt die er ook helemaal buiten.
Gebruikt dataset: Gaubert et al. 2005. Referentie: Gaubert, P., W.C. Wozencraft, P. Cordeiro-Estrela, and G. Veron. 2005, Mosaics of convergences and noise in morphological phylogenies what’s in a veverrid-like carnivoran? Systematic Biology 54(6): 865-894
@ Gerdien,
Waarschijnlijk is die Veron dezelfde als jou Veron. Maar dit is een nieuwere publicatie (de bovengenoemde). Misschien geeft dat dataset nieuwe inzichten. Ik ga eens kijken of ik het te pakken kan krijgen.
Todd Wood begint met de traditionele familie(zoals hij meestal doet). Hij kan niet veel met de dataset uit Systematic Biology. Woods conclusie is (blz 21) “These results are difficult to interpret baraminologically”.
Dat is hetzelfde als de traditionele morfologie, die ook niet veel kon met de Viverridae.