Een nieuw jaar, een nieuwe post. De vorige post over koolstof-14 blijft nog even bovenaan de voorpagina staan, want ik hoop nog op een inhoudelijke reactie op het jonge aarde tijdpad in het licht van C-14 metingen.
Deze post verwijst alleen even naar een video van de site Stated Clearly.
De makers hebben een prachtig stukje werk afgeleverd, zeer toegankelijk. Zij gebruiken zeezoogdieren om te demonstreren hoe resultaten uit verschillende, onafhankelijke vakgebieden allemaal wijzen op evolutie.
Deze aanpak probeer ik doorgaans in mijn lezingen over evolutie en schepping ook te hanteren. Mijn ‘standaardlezing’ bevat kort bewijs voor evolutie vanuit de fossielen, het dna en de verspreiding van soorten. Je kunt eindeloos bakkeleien over de mate waarin je dat bewijs overtuigend vindt. Maar het punt is dat er zoveel vakgebieden dezelfde kant op wijzen (namelijk gezamenlijke afstamming en geleidelijke ontwikkeling van het leven op aarde) dat er eigenlijk geen ontkomen aan is. En het alternatief (een scheppingsmodel) dat een vergelijkbare verklarende kracht heeft is er simpelweg niet.
Beleefd aanbevelend dus!
Jaap,
“Evolutionary stasis” is een minder slechte verklaring dan “re-evolve”. Maar het vreemde is dat de fossielen structureel andere namen krijgen dan levende exemplaren.
Rene,
Veel van de dingen die je noemt gaan nog terug komen in mijn serie. Aflevering 6 is nu overigens ook beschikbaar: https://www.youtube.com/watch?v=L7OiCsOlJ-Q
Dingen die je zegt over het oog, dat gaat nog terug komen in de serie, o.a. in de aflevering over “Bad design”.
Een ding verklap ik je alvast: je schatting “Het oog is een keer of acht onafhankelijk ontstaan” is te laag: http://en.wikipedia.org/wiki/Evolution_of_the_eye
Daar staat 50 a 100 keer…
Wat betreft convergente evolutie:
https://www.youtube.com/watch?v=UB0cjZMVjOo&list=PLB228C26CBD74D87B&index=5
@André,
Zwijnen dicthter bij walvissen dan nijlpaarden? Kom nou. Heeft Thewissen nooit gezegd. Beste fylogenie is Gatesy et al A phylogenetic blueprint for a modern whale Molecular Phylogenetics and Evolution 66 (2013) 479–506, met nijlpaard als zustergroep van de walvissen. Dit in overeenstemming met veel eerdere studies als Spaulding M, O’Leary MA, Gatesy J (2009) PLoS ONE 4(9): e7062.
‘Dat veel bestaande indelingen niet klopten’ klopt niet. Indelingen waar iedereen van overtuigd was bleven staan – dat is de check op de methode. De vogels zijn op de schop gegaan: maar die zijn morfologisch ook haast niet te doen. De flamingo hoort in één groep met de fuut, volgens zijn DNA. Todat het DNA bekend werd had niemand er zelfs aan gedacht hun botten te vergelijken. Toe de botten vergeleken werden bllek ook volgens de botten dat de flamingo bij de fuut hoort.
Voor die zwavelbacterien, zie: https://whyevolutionistrue.wordpress.com/2015/02/04/a-new-paper-claims-that-evolution-has-stopped-in-a-bacterial-species-is-it-true/
en
https://whyevolutionistrue.wordpress.com/2015/02/07/unchanging-bacteria-revisited-dreadful-science-reporting-in-the-washington-post/
over wat er fout gaat in de hype. Vooral als de persvoorlichters van de universiteiten aan de haal gaan met werk. Vooral als het om organismen met een minimum aan uiterlijke kenmerken gaat.
Gerdien
Ik zie inderdaad dat ik de zin:
“Als Thewissen morfologisch tot de conclusie komt dat varkens dichter bij walvissen staan dan Nijlpaarden ”
verkeerd heb opgeschreven.
Moest zijn :
Als Thewissen morfologisch tot de conclusie komt dat varkens dichter bij Nijlpaarden staan dan walvissen.
Bron:
http://www.sciencedaily.com/releases/2009/03/090318153803.htm
“Indelingen waar iedereen van overtuigd was bleven staan ”
Is m.i een wat mistige zin . Betekent dit dat men van de overgrote meerderheid van de indelingen overtuigd was ?
Zie b.v
http://nl.wikipedia.org/wiki/Fylogenetische_stamboom
vanaf “Laatste kwart 20e eeuw”
“Tegen het einde van de twintigste eeuw bleek het duidelijk dat de bestaande stamboom niet meer voldeed.”
Neem blz 2 van
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2740860/pdf/pone.0007062.pdf
De indelingen van Thewissen en O’Leary lijken mij behoorlijk verschillend
Thewissen 2007 en Spaulding 2009 verschillen in hun fylogenetische boom. Thewissen 2007 is direct weersproken door Geisler & Theodor 2009 in Nature in een ingezonden brief die een andere analyse op de data matrix van Thewissen geeft. Een groot probleem bij Thewissen is dat er een club ‘overige evenhoevigen’ in de fylogenie staat zonder verdere oplossing. Geisler & Theodor beginnen ook met een slecht opgeloste fylogenie, maar beseffen dat dit aan het beest Andrewsarchus ligt. Thewissen accepteert dit in zijn antwoordbrief, en geeft aan waarom: “Andrewsarchus is poorly known, ..”. (Dan krijg je een regel met veel lege plekken in je datamatrix, en dat werkt niet prettig.) ( http://en.wikipedia.org/wiki/Andrewsarchus http://nl.wikipedia.org/wiki/Andrewsarchus )
“Indelingen waar iedereen van overtuigd was bleven staan ”
Is m.i een wat mistige zin . Betekent dit dat men van de overgrote meerderheid van de indelingen overtuigd was ?
Zie b.v
http://nl.wikipedia.org/wiki/Fylogenetische_stamboom
vanaf “Laatste kwart 20e eeuw”
“Tegen het einde van de twintigste eeuw bleek het duidelijk dat de bestaande stamboom niet meer voldeed.”
OK: ik had het over beesten, voornamelijk over de zoogdieren en andere gewervelde dieren. Als je de eencellige eukaryoten neemt is er heel veel veranderd; eencellige eukaryoten zijn een weinig bestudeerde maar heel lastige groep. Op de middelbare school kreeg ik nog ’planten’ en ‘dieren’ waarbij de eencelligen tussen de planten en dieren verdeeld werden. Dat is ruim over, voornamelijk op grond van DNA. DNA heeft nooit een plant binnen de dieren gezet of een vogel binnen de zoogdieren. Schimmels werden planten’ genoemd, net als bacteriën, omdat ze een celwand hadden, als is het een hele andere.
Overigens, http://nl.wikipedia.org/wiki/Fylogenetische_stamboom geeft zwaar foute of hoogst verouderde uitgebreide fylogenetische bomen, die in tegenspraak zijn met de eerste gegeven indeling in domeinen . De schimmels bv zijn een zustergroep van de beesten en niet van de planten, en dat staat wel bij de eerst genoemde indeling maar niet in de grote bomen. (Zoals ik ook op het blog van Gert Korthof schreef, de Nederlandse wikipedia is slecht voor evolutiebiologie; paleontologie op de nederlandse wiki is goed, vooral als MWAk het schrijft).
Neem blz 2 van
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2740860/pdf/pone.0007062.pdf
De indelingen van Thewissen en O’Leary lijken mij behoorlijk verschillend
Ja: daarom doen Spaulding, O’Leary en Gatesy 2009 en Gatesy et al 2013 het nog een keer over. Als je in Spaulding kijkt zie je ook een bespreking van de invloed die afwezigheid van een groep heeft op de rest van de fylogenie. Dat maant ook tot voorzichtigheid. Al denk ik dat ‘binnen de huidige beesten zijn walvissen en hippo’s zustergroepen’ wel robuust is.
Gerdien
Ik heb op dit moment weinig tijd om de analyse van Spaulding e.a wat nauwkeuriger door te nemen.
Maar als je toch eens kijkt naar de morfologische kenmerken van Nijlpaard , zwijn en walvis en je zou daar een kenmerken matrix van maken , dan zou ik toch zeer verrast zijn als we op basis daarvan tot de conclusie komen dat Nijlpaard en walvis dichter bij elkaar liggen dan Nijlpaard en zwijn. Heb jij zo een matrix toevallig?
De argumenten die jij noemt hebben begrijp ik vooral te maken met het maken van een “consistente” fylogenetische boom. Maar ook dan ga je dus weer uit van macro evolutie . Het topic/discussie ging er juist over of we macro evolutie kunnen aantonen zonder dat eerst in onze redenering te stoppen.
@André
Ik heb het woord consistent niet genoemd. Het werken aan indelingen zonder interne tegenspraak is altijd zinnig, en als er verschil is tussen onderzoekers in hun indeling ga je uiteraard kijken waar dat op zit. Dat bevat geen veronderstelling van macroevolutie. De methode blijft optimalisatie, en met die methode kun je ook de beste indeling maken van zaken die niets met evolutie te maken hebben.
Spaulding et al schrijft (M&M):
The large morphological character matrix previously compiled by O’Leary and Gatesy [1] included 71 taxa (28 extant, 43 extinct) and 635 characters (310 cranial osteology, 147 dental, 123 postcranial osteology, and 55 soft-tissue/behavior)
en wordt dan verder aangevuld. De file is te vinden onder Supporting Information bij het artikel van Spaulding et al. 2009.
Gerdien
Wat is de handigste manier om een Nexus matrix file te lezen ? Ik heb Mesquite geprobeerd , maar die leest erg langzaam in . Kun je hem omzetten naar een spreadsheet?
Gerdien
Ik heb de indruk dat het precies zo gaat als ik heb aangegeven. Als moleculair een nijlpaard dichter bij een walvis ligt dan bij een zwijn , dan is dat de eindconclusie. Terwijl we voor zover ik weet geen objectieve methode hebben om moleculaire analyses voor wat betreft macro evolutie te testen dan op basis van morfologie.
Theodoor protesteerde vooral op basis van een moleculaire (DNA) analyse en Spaulding heeft die moleculaire analyse meegenomen in een gecombineerde aanpak van moleculair en morfologisch.
In een eerder artikel van O’Leary
“Impact of increased character sampling on the phylogeny of
Cetartiodactyla (Mammalia): combined analysis including fossils”
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1096-0031.2007.00187.x/abstract
wordt in de conclusie gesteld:
“At the outset, we predicted that the topology so
strongly supported by molecules (Fig. 7) might emerge
from an expanded analysis of dental–osteological
characters, but this was not the case. For such
congruence to be realized in the future likely would
require the discovery of early fossil taxa that differ
QUITE DRASTICALLY from currently known cetartiodactylan
forms.”
dit noem je toch geen feiten, het zijn alleen maar aannamens!!
http://www.verzwegenwetenschap.nl/
als het heelal zo hard rond draaide waardoor het uit elkaar ontplofte, waarom draaien er dan 3 planeten de andere kant op
@Margriet, wanneer je geen onderscheid maakt tussen de vorming van het heelal en de vorming van het zonnestelsel wordt het allemaal wel erg warrig.