Het heeft even geduurd – een combinatie van drukte en wat misverstanden met het ND over de vraag of ze ‘m daar fulltext op de site zouden publiceren – maar hier is de recensie, voor wie ‘m nog niet gelezen heeft.
Er onder volgt de kritiek van Peter Borger, zoals hij die naar mij heeft gestuurd in een eerste reactie. Een groot deel van de discussie heeft al plaatsgevonden onder de vorige post, ik heb geen idee hoe ik dat hieronder kon krijgen, dus als het niet kan zoals het moet, moet het maar zoals het kan.
Ik wil wel ingaan op de kritiek van Peter, maar – wederom – daartoe ontbreekt mij de tijd op dit moment. Ik hoop dit wel binnenkort te kunnen doen.
Het schijnbare gelijk van Peter Borger
Terug naar de oorsprong. Of hoe de nieuwe biologie het tijdperk van Darwin beëindigt
Peter Borger. Uitg. De Oude Wereld/Johannes Multimedia, Amerongen 2009. 326 blz. € 19,95
door rené fransen
Als een boek begint met twee kolossale en vermijdbare fouten, maakt dat wantrouwend. Peter Borger begint Terug naar de oorsprong, waarin hij zegt de evolutietheorie te weerleggen, al met een fout in de eerste zin: ,,Mensen hebben altijd geloofd dat levende organismen hun oorsprong vinden in een daad van goddelijke schepping. Tot 1859.’’ Want toen verscheen Darwins On the Origin of Species en, schrijft Borger even verder: ,,Al op de eerste dag werden alle 500 exemplaren verkocht!’’.
Dat laatste is een domme slordigheid, want de eerste druk telde ongeveer 1250 exemplaren, die inderdaad nog dezelfde dag waren verkocht. Het eerste is een bizarre uitspraak. Ook voor 1859 waren er atheïsten en er werd door velen nagedacht over een vorm van ‘evolutie’. Charles Darwins grootvader Erasmus Darwin had er al over geschreven. Helaas blijkt deze valse start kenmerkend voor de manier waarop Borger omgaat met feiten en ideeën.
Zo citeert Borger op bladzijde 35 de evolutiebioloog Stephan J. Gould, die een bezwaar van Jackson Mivart, een tijdgenoot van Darwin, tegen de evolutietheorie aanhaalt. Mivart stelde in 1871 dat natuurlijke selectie niet kon verklaren hoe nieuwe kenmerken ontstaan. Een vleugel werkt pas als deze volledig is, dus: ,,hoe kan natuurlijke selectie de beginstadia van structuren verklaren, die pas van nut zijn als ze volledig zijn ontwikkeld?’’. Daarmee eindigt Borger zijn citaat. De argeloze lezer zal het bezwaar wellicht overtuigend vinden en Gould, een autoriteit, lijkt dit bezwaar te delen. Lezing van het essay waaruit Borger citeert, laat zien dat hij onvolledig citeert. Gould schrijft namelijk ook:
,,Ik bespreek dit oude onderwerp om twee redenen. Ten eerste, ik geloof dat Darwinisme nu, en al heel lang, een voldoende en interessant antwoord heeft op de uitdaging van Mivart (…). Ten tweede, een artikel dat recent is gepubliceerd in het wetenschappelijke tijdschrift Evolution heeft overtuigend experimenteel bewijs geleverd voor deze oplossing, toegepast op de meest beroemde casus – het ontstaan van vleugels.’’
Dit vervolg zet het citaat van Borger in een heel ander licht. Volgens Gould is de kritiek van Mivart al lang verworpen. Maar dat vertelt Borger niet.
Hoofdbezwaar
Borger begint zijn boek met het betoog dat nieuwe informatie over het erfelijk materiaal van soorten (het DNA) de evolutietheorie ontkracht. Een hoofdbezwaar van Borger is, dat natuurlijke selectie op tal van genen geen vat heeft. Ter ondersteuning citeert hij vele wetenschappelijke studies die zijn gelijk zouden aantonen. Maar wie de moeite neemt deze studies op te zoeken, merkt telkens dat de betrokken onderzoekers nergens concluderen dat hun resultaten in strijd zijn met de evolutietheorie.
Vervolgens presenteert Borger in zijn boek een eigen theorie, de ‘Generale & Universele Theorie over Biologische Variatie’, afgekort GUToB. Volgens deze theorie is het leven geschapen in een aantal oervormen, die elk een oergenoom bevatten (een genoom is het totaal aan genetische informatie dat een organisme heeft). Dat oergenoom leek op een Zwitsers zakmes: het bevat allerlei hulpstukken voor onvoorziene omstandigheden. Bovendien zaten er mechanismen in waarmee die hulpstukken geactiveerd konden worden.
Zo kunnen soorten zich aanpassen aan veranderende omstandigheden en kan er vanuit één oersoort een hele serie verwante ondersoorten voortkomen. Niet via geleidelijke verandering, zoals Darwin dacht, maar doordat een nieuw genetisch programma geactiveerd wordt, met een druk op de juiste knop. Een gevolg hiervan is wel, dat het oergenoom langzaam uiteenvalt. Alleen die onderdelen die nodig zijn, blijven bestaan; de rest verdwijnt. Kortom: elke aanpassing is in feite een afname van genetische informatie. Geen evolutie dus, maar degeneratie van een ‘intelligent ontworpen’ genoom.
De ‘knop’ die nieuwe onderdelen van het Zwitserse zakmes activeert, vindt Borger in wat hij het variatie-inducerend genetisch elementen of VIGE’s noemt. VIGE is een verzamelnaam voor een verschillende genetische elementen. Het zijn stukken DNA waarvan in het algemeen geen functie bekend is. Sommige bestaan uit zichzelf herhalende stukjes DNA, andere worden door biologen gezien als virussen die zich in het DNA hebben verstopt. Borger veegt al deze verschillende elementen bijeen onder een nieuwe naam en stelt dat ze door de Schepper in het DNA zijn gestopt om variatie te veroorzaken.
Daarbij negeert hij problemen die zijn eigen GUToB-theorie veroorzaakt. Hoe bleef al die overtollige informatie intact totdat ze gebruikt kon worden? En waar is het bewijs dat genomen nog steeds ‘verborgen’ programma’s bevatten, waardoor nieuwe soorten zouden kunnen ontstaan?
Een andere vraag is, hoe Borger, een evangelisch christen, denkt over de theologische aspecten van zijn theorie. Met geen woord rept hij over de tijdsduur van de biologische ontwikkeling, zoals hij die zich voorstelt. Miljarden jaren, miljoenen, of misschien zesduizend?
Toevallig
Door kwistig te strooien met technische termen en wetenschappelijke publicaties walst Borger over de argeloze lezer heen. Toevallige mutaties bestaan niet, zegt hij bijvoorbeeld, want er zijn aanwijzingen dat sommige stukken DNA mutaties ‘aantrekken’. Dat klopt, maar biologen bedoelen met ‘toevallige mutaties’ niet dat mutaties op een toevallige plek in het DNA plaatsvinden, maar dat die mutaties niet doelgericht zijn.
Zo geeft hij telkens een eigen invulling aan termen die algemeen gebruikt worden, waardoor de reguliere wetenschap hem gelijk lijkt te geven. Maar wie de moeite neemt om Borgers referenties na te trekken, moet steeds weer constateren dat de auteurs van de wetenschappelijke artikelen op geen enkele manier de theorieën van Borger bevestigen. Wie niet goed ingevoerd is in de moleculaire biologie, ziet de verdraaiingen en ongerijmdheden in het betoog vermoedelijk over het hoofd.
Als hij de evolutietheorie aanvalt, gebruikt hij foutieve of verouderde concepten uit de evolutietheorie of citeert hij eenzijdig. Als hij zijn eigen theorie probeert te verdedigen, blijft hij vaag over de bewijzen. Wel geeft hij een manier om zijn GUToB-theorie te testen: die wordt verworpen na ,,de observatie van het naturalistisch ontstaan van nieuwe unieke functionele genetische informatie. Genetische informatie die niet gerelateerd is aan al bestaande genetische elementen’’. Deze uitsmijter is dwaas, want de evolutietheorie stelt juist, dat nieuwe informatie ontstaat uit bestaande informatie, via toevallige veranderingen en natuurlijke selectie. Door bijvoorbeeld verdubbeling van genen gevolgd door veranderingen in een van beide, of door samenvoeging van twee genen tot een nieuwe gen (recombinatie) kan nieuwe informatie ontstaan. Maar die is altijd gerelateerd aan bestaande genetische informatie.
Ongetwijfeld is er een publiek voor dit boek. Wie principiële bezwaren heeft tegen het idee van evolutie, vindt hierin een wetenschappelijk uitziende weerlegging van Darwins theorie. Helaas blijkt de keizer geen kleren te dragen, zoals zo vaak bij boeken die het wetenschappelijk creationisme verkondigen.
—————————————————————————————-
Reactie Peter Borger (copy-paste overgenomen uit zijn mail, dus op de tekst is geen enkele vorm van ‘editing’ toegepast, rf)
Vorige week verscheen in uw krant een recentie van mijn boek Terug naar de Oorsprong – of hoe de nieuwe biologie het tijdperk van Darwin beeindigd. Het blijkt van de hand van uw wetenschapsredacteur Fransen. Met aandacht heb ik het stukje gelezen en al doende viel ik van de ene in de andere verbazing. Het staat vol onwaarheden en de inhoud van mijn boek wordt volledig fout weergegeven.
Ik heb voor het verschijnen van dit stukje (recentie kun je het niet noemen) zelfs nog met de heer Franssen gecommuniceerd en hem aangeboden te helpen als er vragen waren. Daar heeft hij geen gebruik van gemaakt. De inhoud van zijn stuk geeft mijn boek echter volledig foutief weer.
Franssen zegt bijvoorbeeld: “Daarbij negeert hij problemen die zijn eigen GUToB-theorie veroorzaakt. Hoe bleef al die overtollige informatie intact totdat ze gebruikt kon worden?”
Dit is niet waar. Ik negeer dit niet. In tegendeel zelfs. Ik zeg dat dit soort niet gebruikte elementen desintegreren. DESINTEGRERERN! Ze kunnen niet stabiel in het genoom blijven bestaan. Dit staat meermalen met nadruk in mijn boek. Het vormen van nieuwe soorten kan zo op eenvoudige manier worden begrepen als het uiteenvallen van grotere genomen. Ik onderbouw het in mijn boek zelfs met verschillende voorbeelden vanuit de biologische literatuur.
Fransen zegt ook: “En waar is het bewijs dat genomen nog steeds ‘verborgen’ programma’s bevatten, waardoor nieuwe soorten zouden kunnen ontstaan?”
Fransen verdraait ook hier wat ik in mijn boek zeg. Ten eerste zijn deze cryptische programmas in bacteria aangetoond. Ze worden door kleine genetische insertie sequenties – een soort VIGEs – geactiveerd. En in gisten zijn cryptische programma’s ook al ontdekt. Daar worden ze door prionen geactiveerd. Dat staat ook gewoon in mijn boek. Ten tweede bestaan er positie effecten, die zonder de noodzaak van nieuwe genetische programma’s nieuwe fenotypen bewerkstelligen. Dit wordt ook uitgebreid in mijn boek behandeld . U kunt dus begrijpen dat ik me begon af te vragen of Fransen mijn boek eigenlijk wel had gelezen.
Dan zegt Fransen; “Borger veegt al deze verschillende elementen bijeen onder een nieuwe naam en stelt dat ze door de Schepper in het DNA zijn gestopt om variatie te veroorzaken.”
Dit is ook een verdraaiing van wat ik daadwerkelijk zeg. We kunnen al deze vreemde onbegrepen stukken DNA begrijpen als variatie-inducerende genetische elementen. Want al deze elementen zijn in twee dingen heel goed: 1) nieuwe contexten van bestaande DNA elementen creeren, 2) het herschikkebn van reeds bestaande DNA elementen. Deze twee samen herkennen we op fenotypisch nivo als variatie. Ik zeg ook dat er heel veel niet-functionele VIGEs in het genoom accumuleerden en dat ziet er uit als junk DNA. Nog geen maand nadat ik mij document naar de uitgever had gestuurd verschenen er een aantal wetenschappelijke publicaties (Faulkner GC et al, 2009) die aantoonden dat 30% van de genen in de mens beginnen met een endogeen retrovirus. Die had ik net als VIGEs geklassificeerd en daar was het bewijs! We kunnen nu ook beter begrijpen waar RNA virusen – de veroorzakers van bijvoorbeeld AIDS en griep – hun oorsprong hebben: In het genoom als gerecombineerde VIGEs. Maar dit alles is niet aan Fransen besteedt. Hier nog een onwaarheid:
“Toevallige mutaties bestaan niet, zegt hij bijvoorbeeld, want er zijn aanwijzingen dat sommige stukken DNA mutaties ‘aantrekken’.”
Dit zeg ik nergens in mijn boek. Ik zeg dat er zowel random als non-random mutaties bestaan. En de logische consequentie is dat non-random mutaties een illusie geven van common descent. Ik geef hiermee de juiste verklaring voor homoplasie op moleculair nivo. Homoplasie is voorheen nog nooit door iemand begrepen en ik geef hiervoor nu een heel plausibele verklaring.
Fransen zegt ook: “… biologen bedoelen met ‘toevallige mutaties’ niet dat mutaties op een toevallige plek in het DNA
plaatsvinden, maar dat die mutaties niet doelgericht zijn.”
Hier vertelt Fransen mij niets nieuws. Daarom definieerde ik ook in mijn boek wat ik onder non-random mutaties versta. Het staat minstens een aantal malen in mijn boek. Nog even voor Fransen: Deze mutaties zijn non-random met betrekking tot positie in het genoom waar ze voorkomen en/of met betrekking tot de nucleotide (DNA letter). Maar er zijn ook non-random mutaties die doelgericht worden geintroduceerd na aanleiding van een stress. Dat staat ook in mijn boek.
Zoals u aan bovenstaande voorbeelden kunt zien geeft het stuk van Fransen niet de inhoud van mijn boek weer. In tegendeel, het staat vol fouten en verdraaiingen. Ik vind het zeer teleurstellend te zien dat uw achterban op deze manier van desinformatie wordt voorzien. Ik verwacht dan ook van de redactie dat ze dit tegengeluid publiceert, opdat de publieke opinie betreffende mijn boek niet op onwaarheden en verdraaiingen wordt gebaseerd.
Groet,
Dr. Peter Borger
Bazel, CH
Waarom kan er geen zinnige discussie ontstaan? Is dit nou intellectuele integriteit? Rene, Eelco, Bart, Taede: wat een expertise! Jullie zijn er allen in geslaagd te zeuren zonder tot de kern van Borgers boek te komen. Wat een slapheid. Waarom wordt de discussie niet inhoudelijk gevoerd? Ik heb zelf ook biologie gestudeerd en het is geen onzin wat deze man zegt. Je kan wel zeuren over z’n manier van quoten en schrijven, maar daarmee haal je de kern van zijn boek niet onderuit. Blijkbaar is er geen gedegen kritiek…. Ik begin Borger’s frustratie beter te begrijpen.
Janus, Arnoud en Pieter: Jullie zijn natuurlijk al verdacht omdat jullie kritisch zijn naar de evolutietheorie, maar jullie zijn ook kritisch naar Borger. Echter, het verschil is dat jullie de discussie inhoudelijk voeren.
Rene schreef dat de systemen die Borger heeft beschreven in bacteriën voorkomen, maar dat het de vraag is of deze systemen ook in ‘hogere’ organismen voorkomen.
Borger reageerde dat zijn onderzoek ook is gebaseerd op meercelligen. Zelfs op primaten.
Wat is de stand in deze discussie?
Borger schreef: ‘“De fylogenetica stelt stambomen op die eigenlijk gewoon uit homoplasieen bestaan”
Dit is een stelling die ik met gemak kan verdedigen vanuit mijn boek.’
Wie reageert er?
Rene Fransen Schreef “Daarbij negeert hij problemen die zijn eigen GUToB-theorie veroorzaakt. Hoe bleef al die overtollige informatie intact totdat ze gebruikt kon worden?”
Peter Borger, hoe reageer je hierop?
Albert: “Blijkbaar is er geen gedegen kritiek….”
Blijkbaar heb je het VKblog van Peter Borger niet gevolgd …
@Eelco,
dat is niet te volgen..
@ PB
De enige reden waarom ik het punt over Gould in mijn recensie niet noemde, is dat ik je er al meerdere malen op gewezen heb. Bij het lezen van je boek ben ik minstens 30 ernstige fouten, verdraaiingen, problemen enz. tegengekomen, maar voor de recensie heb ik er daarvan slechts een paar uitgekozen om wat uitgebreider te bespreken.
@ Albert
Ik heb een uitgebreide inhoudelijke kritiek op het boek van PB geschreven, zie mijn site. De kritiek op hoe PB bijvoorbeeld met Gould omgaat, is geen muggenzifterij, maar laat zien dat PB oninteger met de literatuur omgaat. Dit is zeker niet de enige keer, zoals ik uit ervaring weet na een paar jaar regelmatig met hem gediscussieerd te hebben. Bij PB moet je altijd de referenties nakijken, want hij haalt er regelmatig dingen uit die er niet in staan. Om een inhoudelijke discussie goed te kunnen voeren, moet je kunnen vertrouwen op de integriteit van je discussiepartner. Ik heb genoeg ervaring met PB om daaraan sterk te twijfelen.
Arnoud: “dat is niet te volgen…”
Het is dan ook een blog, met de nodig discussies die door elkaar lopen (of liepen ?). Maar mijn punt is dat daar al bijzonder veel inhoudelijke kritiek voorbij gekomen is. De conclusie van de recensie van René Fransen was voor mij dan ook niet verrassend.
Ik zie een opmerking dat het blog van PB niet te volgen is, nu kan ik me dat voorstellen, maar als je de blogjes goed doorleest is het allemaal best te begrijpen.
Hij geeft een aantal voorbeelden in zijn boek over redundantie. Bijvoorbeeld de knockout muizen, een veelbesproken onderwerp op zijn blog.
Als je het stuk leest dan lijkt PB echt een sterk punt te hebben, want wat is het geval. Er is een stuk DNA wat identiek in de muis en mens zit wat 80 miljoen jaar geconserveerd moet zijn als je uitgaat van gemeenschappelijke afstamming.
Door middel van knockouts, oftewel het verwijderen van dit stuk DNA en testen of dit een waarneembaar effect heeft op het organisme(fenotype) kwamen ze erachter dat er géén fenotype ontstond.
Dus de terechte vraag van PB is dan ook, hoe kan dit stuk zo goed geconserveerd blijven als er blijkbaar geen selectiedruk op staat? Zelfs de onderzoekers verwachtte een dodelijk fenotype of een onvruchtbaar fenotype.
Maar als je dus zelf de referentie gaat opzoeken van dit onderzoek, kom je erachter dat de betreffende muizen in een nogal makkelijke omgeving werden onderhouden, ideale temperatuur, stabiele voeding etc…
Oftewel, deze muizen kregen nog geeneens fatsoenlijk de kans om dood te gaan. Dat is ook de conclusie van de onderzoekers.
Maar PB hangt hier meteen zijn definitieve conclusie aan vast, dat het een redundant stuk DNA is en het wel gecreerd moet zijn. Maar deze conclusie kan je nóg helemaal niet trekken. Zet deze muizen eens flink onder stress en kijk dan eens wat voor fenotype te krijgt, mocht er dan nog steeds geen fenotype ontstaan, dan krijgt je argument echt kracht. Nu betekend het nog niets.
PB heeft hier ook nog geen ongelijk overigens, maar hij heeft ook geen gelijk, want we weten het gewoonweg nog niet.
En als je hier PB op aanspreekt wilt hij weleens naar een ander voorbeeld springen wat ook in zijn boek staat. De arabidopsis, een plant.
Dit is een ongeveer gelijk geval, PB geeft aan dat dit organisme 98% redundant is.
Dit is wat er in het onderzoek staat:
Out of about 200 knockout lines isolated by our group, fewer than 2% display significant morphological alterations.
Hier haalt PB waarschijnlijk zijn 98% vandaan.
Het volgende citaat geeft aan dat ook de onderzoekers verrast zijn:
The strict definition of genetic redundancy is a situation in which disruption of a gene is selectively neutral (i.e. it does not affect fitness), so there would be no selection pressure against the accumulation of deleterious mutations in truly redundant genes. Hence, it is difficult to imagine such redundancy being evolutionarily stable and yet redundancy, at least structurally speaking, seems to be the rule rather than the exception in eukaryotic genomes.
In PB zijn boek houdt het hier op, meer informatie geeft hij de lezer niet en hiermee bevestigd hij zijn gelijk dat redundantie eerder de regel is als een uitzondering en dat dit een groot probleem is voor de evolutietheorie.
Maar het volgende citaat is in mijn ogen misschien wel het belangrijkste:
In an experiment in which 29 knockout strains with no phenotype were cultivated in competition with the wild-type strain on rich medium, 19 knockouts were shown to have significantly reduced fitness. Thus, the lack of visible phenotypes in knockout mutants, which has also been noted in systems such as mice, should not be attributed systematically to redundancy, but presumably more often to our inability to detect weak physiological changes.
Hier zeggen ze, dat in een experiment in competitie met de wild-type 19 van de 29 planten wel degelijk een fenotype laat zien! Dit experiment is natuurlijk veel belangrijker als een laboratorium experiment omdat ze hier daadwerkelijk vergelijken met wild-types. Maar hier spreekt PB met geen woord over in zijn boek.
En als je dus het boek leest van PB en je gaat al deze voorbeelden af en je pakt de recensies erbij kom je telkens tot zulk soort conclusies, dat PB te snel een definitieve conclusie ergens aanhangt. Dat siert hem niet.
“Waarom kan er geen zinnige discussie ontstaan? Is dit nou intellectuele integriteit? Rene, Eelco, Bart, Taede: wat een expertise!”
Zie je nu wat er hier gebeurt? Er gebeurt precies hetzelfde als altijd op mijn weblog. Men probeert de discussie te laten ontsporen. Men weet namelijk al dat Darwin gelijk heeft. Hij moet a priori gelijk hebben.
Maar dat is en foutieve uitgangspositie. Je kunt niet zeggen “Deze stelling is waar” en dan nog objectief onderzoek doen. Darwinistische biologie was een hypothese. De hypothese is echter achterhaald en vele malen verworpen. Daarover gaat het eerste deel van mijn boek. Het tweede deel gaat dan over hoe we de biologie wel kunnen begrijpen. Het is ook hypothetisch, maar wel met een sterke onderbowuing vanuit de biologische literatuur van de laatste 10 jaar.
Mensen mogen het er niet mee eens zijn, maar dan komen ze maar met echt sterke tegenargumenten. En die heb ik nog niet gezien.
pb
@Eelco,
“Het is dan ook een blog, met de nodig discussies die door elkaar lopen”
Dus een blog is niet te volgen…(?)
Ik heb het een week gevolgd en ik ben met jou in discussie geweest en met die Stichting Hawk. Ik heb Peter meermalen om de oren geslagen met zijn vreselijke manier van redeneren. En jullie maakten en maken daar nog dagelijks gretig gebruik van. Ik zie het als niet meer dan een spelletje, waarbij Borger een makkelijk slachtoffer is.
De werkelijke discussie zit daar te veel verstopt in een soap, waarin de cirkelgang van geloof-lijden-almacht-kabouters ongeveer gelijk loopt met de tijd dat de aarde om zijn as draait. Ergo: niet te volgen…
groeten,
Arrow
Rene Fransen Schreef “Daarbij negeert hij problemen die zijn eigen GUToB-theorie veroorzaakt. Hoe bleef al die overtollige informatie intact totdat ze gebruikt kon worden?”
Daar heb ik al op gereageerd en het is een van Fransens onwaarheden in zijn stukje.
Ik heb vele malen in mijn boek bediscussieerd dat redundante genetische info niet stabiel in het genoom kan verblijven. Vanwege het simpele feit dat het niet door natuurlijke selectie wordt opgemerkt. Niet gebruikte info vervalt. “Use it or lose it!” heb ik ook vele malen in mijn boek geschreven. Het is een biologische wet, heb ik zelfs geschreven.
Baranomen vallen in kleinere genomen uiteen en vormen daarbij soorten in verschillende niches. Bij bacterien is het een waargenomen feit. Ik heb het ook aan de hand van C3/C4 planten beschreven. En aan de hand van de 19 verschillende, in het wild voorkomende Arabidopsis (zeeraket) populaties: elk 10e gen was geinactiveerd. Er was tot 4% verschil tussen populaties. En er werden ook zogenaamd “nieuwe” genen gevonden, maar dat zijn natuurlijk gewoon geconserveerde “oude” genen. Op deze manier zijn de biologische waarnemingen een stuk eenvoudiger te snappen.
pb
“De enige reden waarom ik het punt over Gould in mijn recensie niet noemde, is dat ik je er al meerdere malen op gewezen heb. Bij het lezen van je boek ben ik minstens 30 ernstige fouten, verdraaiingen, problemen enz. tegengekomen, maar voor de recensie heb ik er daarvan slechts een paar uitgekozen om wat uitgebreider te bespreken.”
Dan had je ze moeten noemen. 30 ernstige fouten is genoeg om een boek af te schieten. Wat jij met behulp van Gerdien de Jong en Prof Nico van Straalen nu op je website hebt staan is niet veel soeps als weerlegging van mijn boek. Het is namelijk ook niet inhoudelijk.
Kijk, BK, het centrale thema in mijn boek is: “Het induceren van variatie in het nageslacht is een genetische eigenschap van organismen”.
Daarmee is Darwinsime een volslagen non sequitur. Dat wist men 100 jaar geleden al. Punnet had het al vermoed en er over geschreven. Hugo de Vries en Bateson ook. Hun boeken zijn genegeerd en hun ideeen zijn als verzinsel afgedaan.
Hetzelfde verhaal moet blijkbaar steeds opnieuw worden verteld. Waarom is dat?
pb
@ Peter: maar hoe lang duurde het uiteenvallen van baranomen? Hoeveel tijd zat er tussen de schepping van die baranomen en de soortvorming. En is die soortvorming nu afgelopen? Daarom vroeg ik eerder van jou een uitspraak over de ouderdom van leven op aarde.
(tussen haakjes, dat ‘use it or lose it’ is inderdaad lang een vuistregel geweest, maar iemand als Nico van Straalen, waar je mee hebt gedebatteerd, stelt dat dit lang zo wetmatig niet is.)
“Hier zeggen ze, dat in een experiment in competitie met de wild-type 19 van de 29 planten wel degelijk een fenotype laat zien!”
19/29 heeft, zelfs wanneer ze moeten concurreren met het wildtype, geen fenotype? Ook goed. Prima zelfs. Eén redundant gen is namelijk al voldoende om als falsifierende waarneming te fungeren voor de selectiehypothese. Dan hebben we nog de waarneming in bacterien (>90% van de genen redundant), in rondwormen (>90% redundnate), de natuurlijke knockouts (100 genen homozygoot inactief in de mens), etc.
Deze waarnemingen sluiten haarfijn aan bij het baranoom-idee, waarbij genen worden GECONSERVEERD door natuurlijke selectie in een heel specifieke niche. En bij het inzicht dat de biologie niet bestaat uit lineaire systemen maar uit 3D netwerken. Maar ik herhaal mezelf, want het staat in mijn boek en overal op mijn blog.
En dan hebben we nog de ultrageconserveerde regionen van het genoom, die je ook gewoon kunt verwijderen zonder het opwekken van een fenotype.
De voorspelling is dat zulke stukken essentieel zouden moeten zijn voor reproductief succes, want anders waren ze niet 80 miljoen jaar geconserveerd.
Maar nee, je krijgt gewoon no-fenotype knopckouts. Een zeer grote verrassing! Ook dit beschreef ik in mijn boek. Een van de redenen dat ik mijn boek schreef was dat ik me dan niet steeds hoef te herhalen. Hoopte ik.
pb
“En is die soortvorming nu afgelopen? Daarom vroeg ik eerder van jou een uitspraak over de ouderdom van leven op aarde.”
In mijn boek staat hoe soortenvorming plaatsvindt. En dat het gewoon nog steeds kan plaatsvinden. We leven niet meer in het tijdperk van het Scala Universum.
Maar er komen geen nieuwe baranomen bij, dat niet, want die werden gecreeerd op T=0. Maar soortenvorming is niets bijzonders. Het is verder niets dan het opwerpen van een reproductiebarriere door genome-shuffling. In mijn boek staan de nodige voorbeelden. Hoe je verschillende Saccharomyces soorten kunt “ontsoorten” staat er ook in en de referenties naar de experimenten die het aantonen.
Het staat dus gewoon allemaal in mijn boek. Ga je nog een rectificatie in het ND plaatsen?
@ Peter: maar hoe lang duurde het uiteenvallen van baranomen?
Zelfs dat staat in mijn boek:
“Stel dat we de snelheid zouden weten waarmee redundante genen verloren gaan. Dan zouden we zelfs een schatting kunnen maken van de hoeveelheid tijd die verstreken is, sinds de inhoud van het originele multipurpose-genoom begon te versnipperen.”
[TndO, p181]
Peter, als er nu nog soortvorming is, zijn er dan nog cryptische programma’s over? Waar zie jij nu nog soortvorming, en volgt die soortvorming jouw mechanismen?
En in het bovenstaande zeg je dat we het zouden kunnen uitrekenen. Maar je doet het niet. Je geeft ook geen schatting. Tussen de regels door lezend, ga jij uit van een relatief recente schepping. Want al die redundante informatie kan natuurlijk niet miljarden jaren intakt blijven. Dus: doe eens een concrete uitspraak over T=0.
En nee, er komt geen rectificatie omdat er niets te rectificeren valt.
@ D
dank voor je uitleg. Een paar kritische vragen: Je schrijft over de 29 knock-out planten waarvan er 19 zwakker bleken dan hun wilde broertjes. Nu vraag ik me af: zijn de knock-outs rechtstreeks verkregen uit wilde typen? Zo nee, is er een blanco proef gedaan: waren de ‘ouders’ van de 29 knock-out planten niet al zwakker dan de wilde typen, ook voordat er ‘redundante’ genen werden uitgeschakeld?
Zijn laboratorium-muizen overigens niet ook meestal zwakker dan hun in het wild levende broertjes en zusjes? Ik zie in gedachten van die witte beestjes met rode oogjes…
Ik ben wel met je eens (Bart schreef het ook al in zijn recensie) dat er nog een stuk werk aan het argument lijkt te ontbreken.
“En als je dus het boek leest van PB en je gaat al deze voorbeelden af en je pakt de recensies erbij kom je telkens tot zulk soort conclusies, dat PB te snel een definitieve conclusie ergens aanhangt. Dat siert hem niet.”
Hier generaliseer je dit voorbeeld naar het hele boek – laten we liever de belangrijkste argumenten stuk voor stuk behandelen. Iedereen trekt wel eens te snel conclusies, maar er is denk ik geen kwade opzet in het spel.
@ Bart Klink
Ik wil graag gezegd hebben dat ik jouw recensie in bepaalde mate nuttig en zeker ook inhoudelijk vindt. Afgezien van de vele niet ter zake doende opmerkingen als ‘hier heb ik hem al vaak op gewezen, maar hij enz.’; en een serie argumenten waaruit blijkt dat je Peter niet goed begrijpt (bijvoorbeeld het gebruik van de naam Darwin), of zelfs paternalistisch schrijft (“gebrek aan verwijzingen naar moderne handboeken evolutiebiologie is ontoelaatbaar voor iemand die meent zinnige kritiek te leveren”); noem je heel wat argumenten op die het overdenken waard zijn. Het zou mooi zijn als we erover zouden kunnen discussiëren zonder persoonlijk te worden.
Ik ga in ieder geval mijn best doen om zoveel mogelijk referenties na te trekken. Jammer dat je voor veel publicaties moet betalen…
@ Peter
“19/29 heeft, zelfs wanneer ze moeten concurreren met het wildtype, geen fenotype? Ook goed. Prima zelfs. Eén redundant gen is namelijk al voldoende om als falsifierende waarneming te fungeren voor de selectiehypothese.”
Peter, probeer je daarmee niet iets te bewijzen uit gegevens die nog ontbreken? Dat is een gevaarlijk standpunt. Want als een lichte verzwaring van de selectiedruk de overige 10 ook zou doen sterven voorafgaand aan de bloei, dan blijft er van het argument toch weinig over?
Aan de andere kant is je theorie op basis hiervan falsifiëerbaar, en dat is belangrijk.
@Pieter
Pieter zegt:
Je schrijft over de 29 knock-out planten waarvan er 19 zwakker bleken dan hun wilde broertjes. Nu vraag ik me af: zijn de knock-outs rechtstreeks verkregen uit wilde typen? Zo nee, is er een blanco proef gedaan: waren de ‘ouders’ van de 29 knock-out planten niet al zwakker dan de wilde typen, ook voordat er ‘redundante’ genen werden uitgeschakeld?
D:
Goede vraag, ik ben zelf geen onderzoeker dus een sluitend antwoord kan ik hier niet op geven. Lijkt me inderdaad vrij essentieel om te weten. Maar als je hier vanuit gaat, dan kan je nooit zeker van knockouts, want misschien is de fitness vermindering wel doordat je geen wild-type organisme gebruikt. Mijn vermoeden is dan ook dat de knock-out planten voor de knock-out hetzelfde waren als de wild-type planten. Maar dat is mijn vermoeden.
Pieter:
Hier generaliseer je dit voorbeeld naar het hele boek – laten we liever de belangrijkste argumenten stuk voor stuk behandelen. Iedereen trekt wel eens te snel conclusies, maar er is denk ik geen kwade opzet in het spel.
D: Ik hou normaal gesproken helemaal niet van generaliseren, maar je moet begrijpen, ik geef hier 2 voorbeelden. Ik heb ongeveer 75% van de voorbeelden in PB’s boek uitgezocht en kwam telkens tot zo’n conclusie. Geen enkel voorbeeld had echt kracht. Je kan begrijpen dat ik natuurlijk niet elk voorbeeld kan uitschrijven.
Ik zal er nog eentje doen die ik wel interessant vind. Let wel, toen ik deze argumenten las in het boek van PB had ik echt wel zoiets van, wauw, dat is inderdaad problematisch!
Maar ik wil het dan wel helemaal uitzoeken. En dan blijkt het verhaal niet geheel te zijn als PB doet voorspiegelen. Voor de leek is dit natuurlijk allemaal geweldig en lijkt het vernietigend voor de evolutie biologie, maar in werkelijkheid valt het allemaal best mee.
En dat is ook wat René Fransen in zijn recensie naar voren probeert te brengen, en terecht vind ik.
De deinococcus, dit is echt een geweldige bacterie, letterlijk bijna niet kapot te krijgen. Ook een voorbeeld in het boek van PB. Deze bacterie kan 15.000 Gy straling weerstaan zonder dood te gaan. De mens is bij 10 Gy al dood.
Peter zijn argument is dan ook, nergens op aarde komt er 15.000 Gy straling voor, nog in de verste verte niet. Dus hoe kan dit organisme dan zijn geevolueerd? Een terechte vraag zou ik zeggen.
Hier houdt het ook mee op in zijn boek, maar ga je zelf op onderzoek uit dan kom je erachter dat er best veel onderzoek naar gedaan is. Er was een hypothese geopperd dat het een bijeffect zou kunnen zijn, door bijvoorbeeld desiccation(extreme droogte). Er is een onderzoek hiernaar geweest en die lijkt dit ook te bevestigen.
Link naar dit onderzoek:
http://jb.asm.org/cgi/reprint/178/3/633?view=long&pmid=8550493
Als je het stuk leest in PB zijn boek lijkt hij echt te sturen naar het stralingsargument, terwijl dit organisme sowieso tegen bijna alles bestand is en niet alleen straling. Dus op de vraag die PB stelt, hoe kan dit organisme zijn geevolueerd. Nou, met ondersteunend bewijs, door extreme droogte. Begrijp me niet verkeerd, dit is natuurlijk geen 100% bewijs, maar het maakt het argument van PB een heel stuk zwakker.
@PB
PB: En dan hebben we nog de ultrageconserveerde regionen van het genoom, die je ook gewoon kunt verwijderen zonder het opwekken van een fenotype.
De voorspelling is dat zulke stukken essentieel zouden moeten zijn voor reproductief succes, want anders waren ze niet 80 miljoen jaar geconserveerd.
Maar nee, je krijgt gewoon no-fenotype knopckouts. Een zeer grote verrassing! Ook dit beschreef ik in mijn boek.
D: Hier schrijf ik net notabene over, dat jouw conclusie nog geen kracht heeft. Je kan nog niet met zekerheid zeggen dat er daadwerkelijk no-fenotype is.
Arnoud/arrow: “Dus een blog is niet te volgen…(?)”
Zo ver wil ik niet gaan … het is soms moeilijk te volgen vanwege het blogformaat. Maar mijn punt blijft dat er op dat blog uitgebreide en inhoudelijke kritiek gegeven werd. En er is door de jaren heen door de reageerders wel degelijke vele malen gepoogd een ‘werkelijke’ discussie op gang te brengen, wat meestal bij de reageerders in frustratie eindigde.
@Peter Borger:
Ik ben nou toch ook wel nieuwsgierig geworden naar jouw schatting voor je T=0 (in jaren). Je kunt het blijkbaar uitrekenen, dus dan moet je toch een harde uitspraak daarover kunnen doen (met onzekerheidsmarge).
En ik ben benieuwd naar je argumentatie dat er sowieso een T=0 zou moeten bestaan.
@ Pieter
De opmerkingen die jij als “niet ter zake doende” beschouwt, doen wel degelijk ter zake, omdat ze gaan over PB’s wetenschappelijke kundigheid en integriteit. Als wetenschapper behoor je bijvoorbeeld niet keer op keer dezelfde fout te maken, zeker niet als je de fout vele malen expliciet is uitgelegd, zelfs door meerdere andere wetenschappers. Bij PB is dit helaas wel nodig. Dat ik hem wijs op het feit dat hij niet verwijst naar moderne handboeken en in plaats daarvan 150 jaar oude en achterhaalde opvattingen aanvalt, is niet paternalistisch. Blijk geven dat je op de hoogte bent van de huidige stand van zaken in een wetenschappelijke discipline is een plicht als je serieus genomen wilt worden. PB verzuimt dat. Het is vergelijkbaar met een wetenschapper die kritiek heeft op de moderne natuurlunde, maar zijn kritiek heeft gebaseerd op de fysica van Newton. Jij mag mijn opvatting misschien paternalistisch vinden, op een congres van evolutiebiologen zou PB keihard uitgelachen worden als hij hetzelfde zou beweren als wat hij in zien boek schrijft (en terecht).
Dat ik af en toe persoonlijk jegens PB wordt, komt door de vele ervaringen die ik met hem gehad heb. PB is vrijwel ongevoelig voor inhoudelijke argumenten. Hij verzint de meest bizarre complotten, geeft vele malen de literatuur onjuist weer en heeft een aantal keer aantoonbaar gelogen (ook over mij als persoon). Jij kent PB misschien net, maar ik ken hem al een stuk langer, en heb helaas vele malen meegemaakt dat hij niet integer te werk gaat.
Als je de artikelen echt allemaal zelf wilt nalezen – en dat is a hell of a job – kun je het beste naar een universiteitsbibliotheek gaan. Daar staan vaak openbaar toegankelijke computers waar je de artikelen kunt downloaden of anders op papier kunt inzien.
Je schrijft over de 29 knock-out planten waarvan er 19 zwakker bleken dan hun wilde broertjes. Nu vraag ik me af: zijn de knock-outs rechtstreeks verkregen uit wilde typen? Zo nee, is er een blanco proef gedaan: waren de ‘ouders’ van de 29 knock-out planten niet al zwakker dan de wilde typen, ook voordat er ‘redundante’ genen werden uitgeschakeld?
Geachte lezers,
Als je nu gewoon naar de in het wild voorkomende populaties gaat kijken van Arabidopsis thaliana, dan blijkt dat overal knockouts worden aangetroffen. Soms tot 4% genetisch verschil! Natuurlijke knockouts terf je overal aan! Elk tiende gen is inactief! De niche waarin ze voorkomen bepaalt gewoon welk deel van het baranoom wordt geconserveerd. Precies zoals ik zeg, en als het moet nog 100 keer ga zeggen.
In Darwins dagen wist men ook al dat natuurlijke selectie een conserverende was.
Darwin heeft natuurlijke selectie (eigenlijk: conservering) ten onrechte tot de motor van het vermeend evolutieproces gebombardeerd. Men wist dat het fout was. Toen al. Blyth had er in 1838 al uitvoerig over geschreven. Mivart weerlegde het in 1871.
De genomen van de wildtype Arabidopsis populaties bewijzen de baranoomhypothese. Je hebt verdere lab experimenten niet eens nodig, want de data uit de natuur doen nog even dunnetjes over wat er reeds in het lab werd geobserveerd: redundantie van elk tiende gen, en tot wel 4% verschil tussen populaties. Darwins zit er gewoon falikant naast.
Biologische info ontstaat niet spontaan, het vervalt spontaan.
pb
BK: “Blijk geven dat je op de hoogte bent van de huidige stand van zaken in een wetenschappelijke discipline is een plicht als je serieus genomen wilt worden. ”
Kun je even ophouden je gal overal te spugen. Ik ken de literatuur als geen andere. Ik ken ook jouw standpunt en jij kent mijn standpunt. Ik maak jou echter niet overal zwart, dus kap ermee. Complotten? Waar zijn die complotten, dan? Ik zie alleen achterhaalde interpretaties die worden gepropageerd als memes.
Ik mag alle data zelfstandig interpreteren en herinterpreteren als ik dat noodzakelijk acht. Zelfs als ik soms een rekenfout maak is dat niet erg. Dat is alleen liegen en mensen bedriegen in het BK jargon.
Jij moet gewoon ophouden mij overal te stalken en kappen met onzin over mij te verkopen. Demoniseren heet dat in goed nederlands. KAP ERMEE!
Kom eens met constructieve opmerkingen en weerleggingen. En maak linkjes naar mijn blog waarin ik de argumenten van jouw kritiek op mijn boek ontkracht.
Peter Borger: “Men wist dat het fout was. Toen al.”
Wat wil je daarmee zeggen ?
@ D: Wat je hierboven over Deinococcus schrijft, is inderdaad typerend voor het boek. Het geldt bijvoorbeeld ook voor de leeftijd van de RNA virussen, die via een moleculaire kloktechniek wordt geschat op 50.000 jaar. Lees je het artikel waar Peter naar verwijst, dan zie je een aantal verklaringen, inclusief aanwijzing hoe dit te onderzoeken. Verder zegt Peter niet, hoe hij tegen moleculaire klok dateringen aankijkt. Accepteert hij die? Zo ja, wat doet hij met dateringen van miljoenen jaren voor afsplitsingen van tal van diersoorten? Zo nee, waarom maakt hij dit punt dan? Dat een techniek die volgens hem toch niet werkt een rare leeftijd oplevert, dat is een heel ander verhaal dan wat hij nu brengt.
En het roept opnieuw de vraag op: wanneer was T0?
“Als je het stuk leest in PB zijn boek lijkt hij echt te sturen naar het stralingsargument, terwijl dit organisme sowieso tegen bijna alles bestand is en niet alleen straling.”
Ik schreef slechts wat de auteurs er over schreven. Die hadden het erover dat het organisme op Mars was ontstaan en daarna naar de aarde was gevlogen. De bijproduct hypothese is een beter alternatief. Maar je verklaart er de struktuur van het genoom niet mee. Ja, jij wel, want selectie kan alles. Het is niet voor niets het substituut voor God geworden.
Verder heb je nog steeds niet door dat 80 miljoen jaar geconserveerde sequenties niet duiden op “vrijwel neutrale selectie” maar op “ultra-purifying selectie” en een essentiele rol zouden moeten spelen. De no-fenotype knockout laat hier ook gewoon zien dat Darwins selectiehypothese niet meer is dan flogiston. Lees ook:
http://www.icr.org/i/pdf/technical/Using-Numerical-Simulation-to-Test-the-Validity-of-Neo-Darwinian-Theory.pdf
Natuurlijke selectie is niets meer dan een reproductie verschil tussen twee of meer organismen. Daar verklaar je het genoom niet mee.
~~~~
“Lees je het artikel waar Peter naar verwijst, dan zie je een aantal verklaringen, inclusief aanwijzing hoe dit te onderzoeken.”
Er wordt in dit stuk geen enkele plausibele verklaring aangedragen. Het is een hypothetisch verhaaltje. Het enige feit dat er in wordt gemeld is dat alle RNA virussen terug te voeren zijn op voorouder die ongeveer 50 duizend jaar geleden leefde. Ik heb de drie opties al eens eerder weerlegd, die deze veel te jongen voorouder moeten wegredeneren. Ik hoef alleen maar te copy en pasten vanuit mijn eigen blog.
Fransen zegt: “Wat je hierboven over Deinococcus schrijft, is inderdaad typerend voor het boek.”
Het geldt bijvoorbeeld ook voor de leeftijd van de RNA virussen, die via een moleculaire kloktechniek wordt geschat op 50.000 jaar.
Neen, dus daar geldt het niet voor. Typerend zegt u? Toe maar noem nog maar tien voorbeelden, dan.
pb
RNA VIRUS PARADOX……..SOLVED!
http://www.vkblog.nl/bericht/252088/De_RNA_virus_paradox…solved%21
Alle potentiele verklaringen bleken geen verklaringen!
~~~~~
@PB
PB:Ik schreef slechts wat de auteurs er over schreven. Die hadden het erover dat het organisme op Mars was ontstaan en daarna naar de aarde was gevlogen. De bijproduct hypothese is een beter alternatief. Maar je verklaart er de struktuur van het genoom niet mee. Ja, jij wel, want selectie kan alles. Het is niet voor niets het substituut voor God geworden.
D: Jij bent diegene die beweerd dat je alles met de nieuwste biologische kennis benaderd, maar je komt alsnog wel met het deinococcus verhaal aan in je boek.
Vervolgens kom je met een Mars hypothese die allang verworpen is maar de bekende hypothese laat je achterwege. En dat terwijl dit artikel van 1996 is. Dan moet je goede verklaringen niet achterwege laten in je boek, dat komt niet integer over.
En dan kom je verder als antwoord dat je met dit onderzoek niet de complete structuur van een genoom kan verklaren. Wat heeft dat hiermee te maken, jij maakt een argument dat de deinococcus niet geevolueerd kan zijn. Puur inhoudelijk op je boek, maar nu spring je zelf weer een zijpad op door te stellen dat het niet de volledige structuur van het genoom kan verklaren.
PB: Verder heb je nog steeds niet door dat 80 miljoen jaar geconserveerde sequenties niet duiden op “vrijwel neutrale selectie” maar op “ultra-purifying selectie” en een essentiele rol zouden moeten spelen. De no-fenotype knockout laat hier ook gewoon zien dat Darwins selectiehypothese niet meer is dan flogiston.
D: Laat ik eens een simpele vraag stellen, valt “zien” bij jou onder purifying selectie in de natuur? Want in het lab zullen deze beestjes ongetwijfeld goed kunnen voorplanten en niet onvruchtbaar zijn. Dus geen fenotype zeg jij dan? Hoe lang denk jij dat dit beestje het volhoudt in de natuur?
“Verder zegt Peter niet, hoe hij tegen moleculaire klok dateringen aankijkt.”
Is dat belangrijk dan voor mijn argument? Zoals ik in mijn blog al aangaf, de verklairngen zijn geen verklaringen. Het staat wel leuk in de literatuur, daar niet van, maar het draagt niks bij.
Je kunt natuurlijk altijd nog een “cinderella stadium” postuleren (zoals dat wel vaker gebeurt om bijvoorbeelden oeroude bacterien te verklaren die genetisch identiek zijn aan de moderne tegenhangers) waarbij het DNA/RNA gedurende miljoenen jaren niet muteerde. Je hebt dan wel een elfje met een toverstaf nodig die de boel bevriest. Of Tita-tovenaar die in haar handen klapt: en alles staat stil.
“Accepteert hij die? Zo ja, wat doet hij met dateringen van miljoenen jaren voor afsplitsingen van tal van diersoorten?”
Dat is toch de paradox? Dezelfde heel jonge ERVs in dieren die zogenaamd al miljoenen jaren zijn gedivergeerd. Het is allemaal hopeloos gebiased door a priori te stellen dat Darwinisme plus de miljarden jaren waar zijn. Zoals reeds eerder opgemerkt. Je kunt geen objectief onderzoek doen als je vantevoren al weet wat waar is.
“Zo nee, waarom maakt hij dit punt dan? Dat een techniek die volgens hem toch niet werkt een rare leeftijd oplevert, dat is een heel ander verhaal dan wat hij nu brengt.”
De frequentie waarmee mutaties accumuleren is bekend. Aan de hand van die frequentie kan men berekenen dat de voorouder van alle RNA virussen inclusief de ERVs (want deze hebben dezelfde genen) ongeveer 50 duizend jaar geleden bestond. Je kunt van alles poneren om daar onderuit te komen, en ze miljarden jaren oud proberen te maken, maar dan weet je dus vantevoren al wat waar is. En dat was nou net niet het doel van science. Want we wilden toch ontdekken wat “waar” is?
Als we a priori al weten wat waar is hoeven we dit soort onderzoek ook niet meer uit te voeren. Daarmee is “Darwinisme = waar” dus een enorme science stopper. We kunnen wel kappen met dit soort onderzoek want we weten vantevoren alle antwoorden al.
~~~~
D, je wordt ook al een expert in uit context lezen. Het Deinococcus verhaal was in deze context:
“Maar het belangrijkste verschil tussen Deinococci en Escherichia coli werd pas in 2003 ontrafeld. Deinococci blijken een uniek genetisch element te bezitten dat verantwoordelijk is voor de resistentie: een eiwitcoderend gen met de naam PprI. Alleen als microorganismen dit PprI-element bezitten, verdragen ze radioactieve straling. Onderzoekers wisten dit element uit Deinococci te isoleren en naar het
genoom van Escherichia coli te transplanteren. Het gevolg was dat de getransplanteerde bacteriën ook veel minder gevoelig waren voor gammastraling [15]. Dit onderzoek naar stralingsresistentie maakt duidelijk waarom we niet in staat zijn een organisme te selecteren, dat dioxines kan afbreken. We kunnen het niet, omdat er geen micro-organismen bestaan die
de juiste genetische elementen bezitten om als uitgangspunt te fungeren. Je kunt alleen iets selecteren, als je begint met een organisme waarin de te selecteren eigenschap al aanwezig is. Er moet al een minimale residuale activiteit van de gewenste eigenschap aanwezig zijn. Deze kun je gebruiken
als sjabloon voor verbetering en optimalisering. Zolang we niet beschikk en over een genetisch element met een minimale dioxine-afbrekende capaciteit, zullen alle selectiepogingen vergeefs zijn. Al was het maar een rudimentaire activiteit. We kunnen nu ook begrijpen waarom wetenschappers niet in staat
waren een droogteresistente Drosophila birchii te ‘evolueren’. Dit is een fruitvlieg uit de regenwouden van Zuid- en Midden-Amerika. [16]. Het
mislukte omdat er geen genetisch element in het genoom aanwezig was dat kon worden geselecteerd. Wetenschappers hebben nog nooit iets nieuws
vanuit niets geselecteerd. Het is onmogelijk. Iets dat er niet is, kan niet worden geselecteerd. Dat wist Mivart meer dan honderd jaar geleden al te
vertellen. En het geldt nog steeds.”
Leg eens uit: Hoe kun je in een droge omgeving zonder water iets middels differentiele reproductie selecteren, dan? Er valt niet veel te selecteren als je niet kunt reproduceren.
~~~~
@PB
Als deze VIGE’s verantwoordelijk zijn voor deze RNA Virussen, hoe komt het dan dat in onafhankelijke baranomen (mens en chimp) dezelfde RNA Virussen voorkomen? Dit zou je dan toch helemaal niet verwachten van apart geschapen baranomen? Of zijn deze VIGE’s geprogrammeerd om RNA Virussen te creeren?
@ Peter
“Als je nu gewoon naar de in het wild voorkomende populaties gaat kijken van Arabidopsis thaliana, dan blijkt dat overal knockouts worden aangetroffen. Soms tot 4% genetisch verschil! Natuurlijke knockouts terf je overal aan! Elk tiende gen is inactief! De niche waarin ze voorkomen bepaalt gewoon welk deel van het baranoom wordt geconserveerd.”
Heb je hiervoor misschien een referentie? Hoe is bepaald of een gen actief is of niet? Of zeg je dat een stuk DNA niet actief kan zijn als het kan verschillen?
@ D
dank voor je uitvoerige antwoord. Over de knock-outs is het laatste woord in ieder geval nog niet gezegd.
Wat betreft het volgende voorbeeld, ik heb de link gelezen die je gaf, en deze voegt inderdaad iets toe aan het verhaal van Peter. Maar volgens mij hoeft dit zijn verhaal helemaal niet zwakker te maken.
Allereerst vraag ik me af of het zo vreemd is dat stralingsgevoeligheid en gevoeligheid voor droogte hand in hand gaan. Water is namelijk een prima stralings-vanger. Goed, misschien was dat juist wel de aanleiding voor het onderzoek. Wat met het onderzoek is aangetoond is dat het DNA reparatie mechanisme dat de effecten van straling beperkt, bij deze bacterie ook nodig is om bestand te zijn tegen droogte. Afgezien van de vraag hoe dit dan werkt bij andere droogte resistente bacteriën die niet ongevoelig zijn voor straling, roept dit onderzoek de vraag op hoe deze bacterie aan zijn speciale DNA-reparatie mechanisme komt. Om dit te selecteren moet het er wel eerst zijn.
Peter merkt terecht op in zijn boek (p. 55) dat de manier waarop dit mechanisme in het genoom verankerd is, bijzonder ongevoelig is voor selectie [eigen woorden].
Verder vond ik de introductie van het onderwerp in het artikel dat je citeert typerend: “… it has been determined that the radioresistance of this species is a direct result of its ability to efficiently repair the DNA damage generated during irradiation (10, 11, 18). In other words, the extreme radioresistance of D. radiodurans—and presumably the other deinococci appears to be the result of an evolutionary process that selected for organisms that could tolerate massive DNA damage.”
Dat bedoel ik ermee dat resultaten altijd meteen en alleen in het kader van natuurlijke selectie uitgelegd worden. Dat gaat zelfs zo ver, dat deze interpretatie gesteld wordt aan de waarneming zelf: “In other words…”.
@ Bart Klink
dank voor je uitleg en de tip, die ga ik zeker opvolgen.
Wat betreft de aard en de toon van de discussie: ik begrijp wel wat je bedoelt. Naar mijn mening praten jullie deels flink langs elkaar heen, maar ik wil me er niet inhoudelijk mee bemoeien.
@ Peter Borger
De relevante evolutiebiologische literatuur ken je vaak niet. In mijn stuk geef ik daar meerdere voorbeelden van. Voor zover je die wel kent, citeer je er heel selectief uit. Als je alleen de uitkomsten van een onderzoek aanhaalt zonder de beperkingen ervan te vermelden (zoals met het geconserveerde DNA zonder fenotype), ben je als wetenschapper onverantwoord bezig. Dat je dit blijft doen, ondanks je er vele malen op gewezen bent, is ronduit oninteger. Over de complotten hebben we het al vaak genoeg gehad. Volgens jou is evolutie zo breed geaccepteerd alleen omdat de atheïsten/naturalisten/materialisten dat nodig hebben voor hun ‘geloof’. Dat is niets meer dan een bizar complot, zeker omdat veel prominente verdedigers van evolutie gelovig zijn, zoals Rene Fransen in ons land (al hebben die volgens jou natuurlijk niet het ‘ware geloof’).
Dat je ook liegt, blijkt o.a. uit het feit dat je vele malen hebt gezegd dat ik Darwin nodig heb voor mijn atheïsme, terwijl ik al atheïst was voordat ik me in evolutie ging verdiepen en genoeg andere redenen heb om atheïst te zijn. Je weet dus dondersgoed dat wat je zegt niet klopt, maar toch blijf je het zeggen, liegen dus.
De links plaats ik als je het laatste deel van mijn stuk besproken hebt, want daarin staat ten minste nog één zeer belangrijk kritiekpunt: de ontoetsbaarheid van je verhaal. Ook dit heb ik je al meerdere malen verteld.
Laat ik eens een simpele vraag stellen, valt “zien” bij jou onder purifying selectie in de natuur?
Hangt van de niche af. In een grot heeft zien geen betekenis en mag het gerust verloren gaan. Het wordt een stuk moeilijker om de verloren gegane genen om te zien weer te verkrijgen. Stel er zit maar één puntmutaties in het kapotte “zien gen”. Hoeveel mutatie-selectie is dan nodig om het kapotte gen weer heel te maken? Er is één mutatie voor nodig. Selectie speelt geen rol.
Peter, je zegt: De frequentie waarmee mutaties accumuleren is bekend. Aan de hand van die frequentie kan men berekenen dat de voorouder van alle RNA virussen inclusief de ERVs (want deze hebben dezelfde genen) ongeveer 50 duizend jaar geleden bestond.
Ten eerste: dit soort metingen in RNA is minder goed uitgezocht dan in DNA (zie het artikel van Holmes). Ten tweede: volgens een vergelijkbare redenering (in DNA) is vastgesteld dat mens en chimp zo’n 6 miljoen jaar geleden zijn gedivergeerd. Waarom accepteer je de 50.000 van het RNA wel, maar de 6 My van mens/chimp (en alle andere metingen die op deze manier zijn gedaan) niet? Waarop baseer je de keuze dat de jonge leeftijd van RNA-virussen wél klopt, maar de oude leeftijd van de last common ancestor van mens en chimp niet?
@Bart,
“terwijl ik al atheïst was voordat ik me in evolutie ging verdiepen en genoeg andere redenen heb om atheïst te zijn.”
Ik wil hier geen halszaak van maken, te meer niet omdat het heel persoonlijk is, maar als ik je levensverhaal lees, lopen de ontwikkelingen op z’n minst door elkaar heen. Zoals bij iedereen waarschijnlijk.
Ik ben het met je eens, dat Peter Borger een te naïef beeld heeft van hoe de wereld in elkaar steekt: atheïst->evolutie, gelovig->creationist.
Toch denk ik dat je niet kunt ontkennen dat de zaken niet los van elkaar staan. Dat vind ik ook in zekere mate een naïeve gedachte.
groet,
arnoud
Pieter:
Wat betreft het volgende voorbeeld, ik heb de link gelezen die je gaf, en deze voegt inderdaad iets toe aan het verhaal van Peter. Maar volgens mij hoeft dit zijn verhaal helemaal niet zwakker te maken.
D: Hij vraagt zich in zijn boek letterlijk af hoe deinococcus kan zijn geevolueerd als er nergens op aarde 15000 Gy straling voorkomt. Daarop was mijn antwoord gebaseerd.
Dus je opmerking dat straling en droogte hand in hand gaan kan ik het helemaal in vinden, maar Peter lijkt je een andere kant op te sturen in zijn boek. Dat punt wilde ik maken.
Pieter: Afgezien van de vraag hoe dit dan werkt bij andere droogte resistente bacteriën die niet ongevoelig zijn voor straling, roept dit onderzoek de vraag op hoe deze bacterie aan zijn speciale DNA-reparatie mechanisme komt. Om dit te selecteren moet het er wel eerst zijn.
D: Terechte vraag, maar bedenk maar eens een onderzoek waarmee je dit kan bewijzen.
Dit maakt deze materie ook zo lastig in mijn ogen, maar wel heel interessant.
Dit is ook het grote probleem van PB, wat ik me enigszins wel kan voorstellen. Hij wil bewijs hebben van microbe tot mens, ja hoe kan je dat nou bewijzen?
Hij heeft bijvoorbeeld als argument dat de mens 50 unieke genen heeft die niet in de chimp voorkomen. Zijn conclusie is, bewijs voor creatie, want 50 unieke genen is onmogelijk.
Dit is natuurlijk een stelling die makkelijk te achterhalen is, PB geeft in zijn boek aan dat een paard en zebra dezelfde baranomen zijn. Uit zijn vorige conclusie kan je dus voorspellen dat deze dieren géén unieke genen onderling hebben. Als dit wel zo is valt PB zijn argument volledig in duigen.
Maar dat PB deze conclusie alweer trekt is toch wel frappant, want waarop baseert hij dit? Er is totaal geen vergelijkingsmateriaal. Maar hij schreeuwt het wel van de toren af. Maar er is totaal geen onderbouwing, helemaal niks.
PB:Hangt van de niche af. In een grot heeft zien geen betekenis en mag het gerust verloren gaan. Het wordt een stuk moeilijker om de verloren gegane genen om te zien weer te verkrijgen.
D: Precies! Je geeft exact het goede antwoord, hoe kan jij dan de conclusie trekken dat er geen fenotype bestaat terwijl de “Niche” een lab is?
BK zegt:
BK: De relevante evolutiebiologische literatuur ken je vaak niet. In mijn stuk geef ik daar meerdere voorbeelden van.
PB: Het blijkt veelal niet meer dan “explaining-away-the-problem-scenarios”. Bijzonder oninteressant om te lezen. Ik daarentegen heb de relevante literatuur ter onderbouwing van mijn stellingen in mijn boek staan. Evolutie wordt met name bevestigend onderzocht en betreft een interpretatie. WAt er circuleert in de media is een bevestigende dataselectie. De falsificaties zijn ook wel te vinden, maar moeilijker. Die staan in mijn boek.
En, zoals ik al vele malen heb aangegeven, heb ik een alternatief voor Darwinistische biologie opgezet. Ik ben helemaal nergens meer gebonden aan de interpretaties van de DArwinisten. Ik vind mijn alternatief beter. Jij hoeft het niet te aanvaarden. Ik hoef dat van jouw ook niet te aanvaarden. Zo gaat dat in een vrij land.
BK: Voor zover je die wel kent, citeer je er heel selectief uit.
PB: Onzin, dit is gewoon weer zwartmaken van je opponent. Zelfs de zogenaamde Gould qoute mine is dat niet. Verder staat er niets in mijn boek dat ik verkeerd zou citeren. En zeker niet bewust of met het oogmerk de boel te willen flessen.
BK: Als je alleen de uitkomsten van een onderzoek aanhaalt zonder de beperkingen ervan te vermelden (zoals met het geconserveerde DNA zonder fenotype), ben je als wetenschapper onverantwoord bezig.
PB: Ik zou zeggen: Darwinisten daar is een taak voor u. Het wordt tijd dat u uw publiek niet langer onderschat.
BK: Dat je dit blijft doen, ondanks je er vele malen op gewezen bent, is ronduit oninteger.
PB: …en maar weer beschuldigen. BK, denk vooral niet dat dit werkt bij mij, want het werkt alleen maar averechts. Maak je beschuldigingen hard i.p.v steeds maar weer met nieuwe te komen. Wat jij niet snapt is dat ik een andere interpretatie heb. “Data anders interpreteren” kun je liegen noemen, maar dat maakt het tevens stemmingmaken. Als je nu eens zou schrijven “Borgers interpretaties zijn fout want…etc” dan zou dat al de helft schelen.
BK: Over de complotten hebben we het al vaak genoeg gehad. Volgens jou is evolutie zo breed geaccepteerd alleen omdat de atheïsten/naturalisten/materialisten dat nodig hebben voor hun ‘geloof’.
PB: Het is een hypothese waarvoor je heel veel data kunt aandragen ter bevestiging. Jij kunt met zo’n website bijvoorbeeld nooit door iemand objectief geloofwaardig worden genomen. Snap je dat niet? Ik ken een iemand van mijn blog, Pseudoniem, die objectief en geloofwaardig is. Hij is agnost en steunt mij vaak in mijn interpretaties. Jij niet, jij bent per definitie tegen. Ik verwacht ook niet anders, maar doe niet net alsof je als “docent en wetenschapper” spreekt. Want je bent gewoom “De Atheist.”
BK: Dat is niets meer dan een bizar complot, zeker omdat veel prominente verdedigers van evolutie gelovig zijn, zoals Rene Fransen in ons land (al hebben die volgens jou natuurlijk niet het ‘ware geloof’).
PB: Komt er ook nog een argument of moet ik het weer zonder doen?
BK: Dat je ook liegt, blijkt o.a. uit het feit dat je vele malen hebt gezegd dat ik Darwin nodig heb voor mijn atheïsme, terwijl ik al atheïst was voordat ik me in evolutie ging verdiepen en genoeg andere redenen heb om atheïst te zijn.
PB: En dit heeft te maken met mijn boek? Probeer eens een keer een normale respons te plaatsen. Dit is gewoon weer stemmingmaken. Maar goed, je was eerst atheist en toen ging je dat proberen te onderbouwen met evolutietheorie. Dat vind ik ook goed. In die volgorde gaat dat vaak.
BK: Je weet dus dondersgoed dat wat je zegt niet klopt, maar toch blijf je het zeggen, liegen dus.
PB: Oude koeien uit de sloot halen vanwege een ongefundeerde uitspraak over jouw atheisme? Zoals je zelf aangeeft was het ongefudeerd. Dat zal het ook wel blijven en dus herhaal ik het niet meer.
BK: De links plaats ik als je het laatste deel van mijn stuk besproken hebt, want daarin staat ten minste nog één zeer belangrijk kritiekpunt: de ontoetsbaarheid van je verhaal. Ook dit heb ik je al meerdere malen verteld.
PB: Dat heb ik ook al gerebut. Mijn laatste stuk heb ik vorige week al geplaatst (het staat gewoon onder “De weerlegging van een weerlegging [8 & 9]”). Nu de linkjes nog.
D: Precies! Je geeft exact het goede antwoord, hoe kan jij dan de conclusie trekken dat er geen fenotype bestaat terwijl de “Niche” een lab is?
Ik ken deze argumenten. Ze staan zelfs bij monde van een aantal wetenschappers in mijn boek. Vandaar dat ik de ultra-conserved regions noemde. Vandaar dat ik ook de natural knockout noemde. Vandaar ook dat ik onderscheid maak tussen redundante, niet essentiele en essentiele genen.
Als ik jouw redering volg dan zijn ultraconserved regions alleen maar in een heel specifieke niche nodig. Maar dat ze ultrageconserveerd zijn duidt daar nu juist niet op. Dat duidt op een essentiele functie. Dat is ook waarom de onderzoekers knockouts maakten. Dit hebben we al 100 keer op mijn blog besproken. Waarom maakten de onderzoekers knockouts van dit stuk DNA? Omdat ze een essentiele functie vermoeden omdat het 80 miljoen jaren was geconserveerd. Moeilijk te snappen? Neen, hun idee komt direct voort uit DArwins selectiehypothese.
Het betrof ook nog eens een non-coding stuk junk DNA.
Men snapte er helemaal niets van en men viel van de enige verbazing in de andere.
Maar goed, jij weet het beter. Ga dan maar aantonen dat bijna neutrale selectie miljoenen baseparen 80 miljoen jaar kan conserveren.
Breng maar puntmutaties aan in de sequentie. En ga maar fitness testen doen.
Zoals het er nu uit ziet (zonder de a priori aanname dat DArwin waar is) is het redundant, en geconserveerd. Dat is wat de knock-out experimenten tonen, namelijk.
Wat kan het betekenen buiten het Darwin paradigma? Goede vraag. Bedenk maar een antwoord.
“Je geeft exact het goede antwoord, hoe kan jij dan de conclusie trekken dat er geen fenotype bestaat terwijl de “Niche” een lab is?”
Zoals je in mijn boek kunt lezen, denk ik dat er wel ergens een op aarde een potentiele niche zou kunnen bestaan voor een deel van de redundante info. Vandaar dat ik het baranoom heb gepostuleerd. Als het baranoom ergens terecht komt waar de genen nuttig zijn kunnen ze geconserveerd worden. Anders niet en gaan ze verloren.
“Dus je opmerking dat straling en droogte hand in hand gaan kan ik het helemaal in vinden, maar Peter lijkt je een andere kant op te sturen in zijn boek. Dat punt wilde ik maken.”
Stralingsresistentie heeft te maken met een gen dat nergens anders voorkomt, behalve in Deino’s. Je kunt Deinococci steeds stralingsresistenter maken door selectie. Je krijgt dan bijvoorbeeld meer van hetzelfde gen door duplicaties. Het voorbeeld was bedoeld om aan te geven dat er iets functioneels aanwezig moet zijn dat geselecteerd kan worden. Het blijkt een stukje unieke genetische info in Deino’s. Op Mars ontstaan is een onzinnig verhaal. In een droge omgeving waar geen water voorkomt is net zo onzinnig, want daar heeft per definitie geen differentiele reproductie plaats.
Uit de kontext hierboven blijkt dat het Deinococcus verhaal onderdeel uitmaakt van een hoofdstukje over wat selectie wel en niet vermag. Het blijkt dat selectie niets kan als er geen mal aanwezig is die geselecteerd en verbeterd kan worden. That’s it. E coli heeft niet zo’n mal en zal nooit radioresistent worden.
Groet,
pb
D, je moet er niet zo veel dingen bij halen die je zelf blijkbaar niet snapt.
D: Hij heeft bijvoorbeeld als argument dat de mens 50 unieke genen heeft die niet in de chimp voorkomen. Zijn conclusie is, bewijs voor creatie, want 50 unieke genen is onmogelijk.
PB: JA, dat is het ook. Als je een klein beetje kan rekenen dan kun je aannemelijk maken dat er nog geen enkel gen door “random mutatie plus selectie” kan ontstaan. 50 is dan ook uitgesloten. Als evolutionist zul je met een ander mechanisme moeten komen. Als dat er niet is, dan is creatie de nulhypothese die aannemelijk wordt.
D: Dit is natuurlijk een stelling die makkelijk te achterhalen is, PB geeft in zijn boek aan dat een paard en zebra dezelfde baranomen zijn.
PB: Neen, dat zeg ik niet. Ik zeg dat ze differentiaten van hetzelfde baranoom zijn. Op dezelfde wijze als een monocyt en een T cel differentiaten zijn van een pluripotente stamcel in het beenmerg. Is het zo moeilijk om niet een misrepresntaie te geven van wat ik beweer?
D: Uit zijn vorige conclusie kan je dus voorspellen dat deze dieren géén unieke genen onderling hebben. Als dit wel zo is valt PB zijn argument volledig in duigen.
PB: Ook niet waar. Je zult 1) de essentiele genen moeten bepalen. Dus niet de redundante en niet-essentiele want deze kunnen eenvoudig verloren gaan in differentierende baranomen, en 2) je zult daarmee een genome subtractie moeten uitvoeren met de essentiele genen. Dat geeft dan uitsluitsel of de twee dieren afkomstig zijn van hetzelfde baranoom.
Maar ook dat wist je al, want we hebben het heel vaak besproken op mijn blog.
pb
Peter, en als we wel een bacterie vinden met zo’n stralingsbeschermingsmechanisme, deel jij ‘m gewoon in bij hetzelfde baranoom. Dus valt jouw theorie niet te falsificeren.
Ooit gehoord van horizontale gene transfer (HGT)? het is al in de biologie aanwezig om het andere paradigma te beschermen tegen falsificatie.
Maar goed, het is inderdaad een waargenomen mechanisme bij bacterien. Dus mijn eerste idee zou uitgaan naar HGT.
Peter, ik heb in het bovenstaande nog geen antwoord gevonden op de vraag wat jouw schatting van T0 (in jaren) nou is. Dat lijkt me een interessante voorspelling.